La historia de Tombuctú empieza, según la tradición, junto a un pozo. Hacia el año 1100, los tuaregs que recorrían el Sahara con sus rebaños establecieron un campamento estacional en un punto donde el río Níger se acerca más al desierto, un lugar ideal para descargar las caravanas del norte y cargar las mercancías del río. Dejaban allí sus pertenencias al cuidado de una anciana esclava llamada, dice la leyenda, Buktu, y al lugar lo llamaron 'Tin-Buktu', 'el pozo de Buktu'. De ahí, el nombre que daría la vuelta al mundo.
La posición era extraordinaria. Tombuctú se convirtió en la bisagra entre dos mundos: el de la navegación por el Níger, que conectaba con las tierras fértiles y auríferas del sur, y el de las caravanas de camellos, que cruzaban el Sahara hasta el Magreb y el Mediterráneo. Por Tombuctú pasaban el oro de Bambuk y Buré, la sal de las minas saharianas de Taghaza y Taoudenni —tan valiosa que a veces se cambiaba peso por peso por oro—, los esclavos, los dátiles, los tejidos y los libros. La ciudad creció como uno de los grandes emporios comerciales del mundo medieval.
A lo largo del siglo XIII, Tombuctú entró en la órbita del Imperio de Malí, el gran estado del África occidental. Fue bajo Malí cuando la ciudad dio el salto de campamento a metrópolis. Y fue un episodio malinés el que la puso, por primera vez, en el mapa del mundo: la fabulosa peregrinación a La Meca del emperador Mansa Musa.
En 1324, el emperador de Malí Mansa Musa emprendió su famosa peregrinación a La Meca al frente de una caravana descomunal, cargada de tanto oro que, según las crónicas, su paso por El Cairo hundió durante años el precio del metal en Egipto. Aquel derroche legendario puso a Malí —y a Tombuctú— en los mapas y en la imaginación de Europa y del mundo islámico: Tombuctú pasó a ser sinónimo de riqueza inagotable.
Mansa Musa regresó de su peregrinación acompañado de sabios y arquitectos. A uno de ellos, el andalusí Abu Ishaq es-Saheli, se le atribuye la construcción, hacia 1327, de la gran mezquita de Djingareyber, el monumento más imponente de Tombuctú, levantado en barro, madera y piedra. La ciudad se llenó de mezquitas, escuelas y bibliotecas, y comenzó a atraer a eruditos musulmanes de todo el norte de África.
Bajo Malí, Tombuctú se consolidó como un centro religioso e intelectual además de comercial. Peregrinos, comerciantes y estudiosos convergían en sus calles de arena. Pero el apogeo cultural de la ciudad estaba aún por llegar, y lo traería otro gran imperio, nacido río abajo, en Gao: el Imperio Songhai.
La cima de Tombuctú llegó bajo el Imperio Songhai, sobre todo en los siglos XV y XVI, tras la conquista de la ciudad por el rey Sonni Ali y, especialmente, bajo el gran emperador Askia Muhammad. Convertida en una de las ciudades más importantes del imperio, Tombuctú floreció como capital del saber del islam subsahariano. Su población pudo llegar a decenas de miles de habitantes, y su vida intelectual no tenía parangón en la región.
El corazón de esa edad de oro fue la Universidad de Sankoré, articulada en torno a la mezquita del mismo nombre y a una red de maestros y escuelas coránicas por toda la ciudad. Miles de estudiantes acudían a estudiar el Corán, el derecho islámico (fiqh), la teología, la gramática árabe, la lógica, la astronomía, las matemáticas y la medicina. Se copiaban e importaban libros a gran escala; el comercio de manuscritos llegó a ser tan lucrativo como el del oro o la sal. La ciudad se llenó de eruditos, jueces y místicos venerados, y se ganó el sobrenombre de 'ciudad de los 333 santos' por la multitud de sabios y santones enterrados en sus mausoleos.
El más célebre de aquellos eruditos fue Ahmed Baba (1556-1627), autor prolífico y símbolo de la ciencia tombuctina, cuyo nombre lleva hoy el instituto que custodia los manuscritos. En aquella época se acuñó el dicho que resume el alma de la ciudad: 'la sal viene del norte, el oro del sur, el dinero del país del hombre blanco, pero la palabra de Dios, las cosas santas, las bellas historias, solo se encuentran en Tombuctú'. Era una de las capitales del conocimiento del mundo.
El principio del fin llegó en 1591. El sultán saadí de Marruecos, atraído precisamente por las riquezas del oro y la sal, envió a través del Sahara un ejército armado con arcabuces —las armas de fuego, entonces desconocidas en la región— al mando de Yuder Pachá. En la batalla de Tondibi, esa fuerza aplastó al ejército songhai, mucho mayor pero armado con lanzas y flechas. El Imperio Songhai se derrumbó y Tombuctú cayó bajo dominio marroquí.
La ocupación fue un golpe mortal para la vida intelectual de la ciudad. Muchos eruditos, entre ellos Ahmed Baba, fueron deportados a Marrakech; las escuelas decayeron; el comercio transahariano empezó a desplazarse hacia otras rutas, sobre todo hacia la costa atlántica, adonde llegaban los barcos europeos. Tombuctú entró en una larga decadencia, y con ella creció, paradójicamente, su leyenda: cuanto más inaccesible y misteriosa se volvía, más fascinaba a la imaginación europea, que la seguía imaginando como una ciudad de oro.
Esa leyenda desató una carrera de exploradores en el siglo XIX. Varios murieron intentando alcanzarla: el escocés Gordon Laing llegó en 1826 pero fue asesinado al partir. El francés René Caillié, disfrazado de árabe, se convirtió en 1828 en el primer europeo en llegar a Tombuctú y regresar con vida para contarlo, y se llevó una decepción: en lugar de una ciudad dorada, encontró un poblado de casas de barro empobrecido. El alemán Heinrich Barth la estudió a fondo en 1853. Cada expedición alimentó el mito de la 'misteriosa Tombuctú', que acabó fijándose en el lenguaje universal como sinónimo del lugar más remoto del mundo.
En 1894, Tombuctú fue ocupada por Francia e integrada en el Sudán Francés, la colonia que a la independencia, en 1960, se convertiría en la República de Malí. Durante el siglo XX, la ciudad, ya lejos de su antiguo esplendor, vivió del comercio, de las caravanas de sal y, cada vez más, de su prestigio histórico: en 1988 la UNESCO la declaró Patrimonio de la Humanidad por sus mezquitas, sus mausoleos y sus manuscritos, y con el cambio de siglo empezó a llegar un turismo cultural creciente, atraído por el mito y por festivales como el Festival au Désert.
Todo se rompió en 2012. Una rebelión tuareg en el norte de Malí, aprovechada por grupos yihadistas ligados a Al Qaeda (Ansar Dine, AQMI), desembocó en la ocupación de Tombuctú. Los ocupantes impusieron una versión brutal de la ley islámica y emprendieron una destrucción deliberada del patrimonio: derribaron catorce de los mausoleos de santos inscritos por la UNESCO, por considerar idólatra su culto, y forzaron la puerta 'sellada' de la mezquita de Sidi Yahya. Amenazaron también los manuscritos: unos 4.000 ardieron en el Instituto Ahmed Baba, pero una operación clandestina heroica, encabezada por el bibliotecario Abdel Kader Haidara, logró evacuar unos 350.000 hacia Bamako, escondidos en baúles y piraguas.
En enero de 2013, la intervención militar francesa (Operación Serval) expulsó a los yihadistas de la ciudad. Después, la UNESCO y los albañiles tradicionales de Tombuctú reconstruyeron los mausoleos con métodos ancestrales entre 2014 y 2016, y en 2016 la Corte Penal Internacional condenó al yihadista Ahmad al-Faqi al-Mahdi a nueve años de cárcel por la destrucción del patrimonio: la primera condena de la historia por ese crimen de guerra. Pero la paz no volvió: la retirada de las fuerzas internacionales, el auge del JNIM y los bloqueos yihadistas de la ciudad (en 2023 y de nuevo en 2025-2026) mantienen a Tombuctú en una situación crítica. La legendaria ciudad del saber, milenaria y de barro, sigue esperando, en el borde del desierto, tiempos mejores.