Mucho antes de que existiera Malabo, la isla en la que se asienta ya estaba habitada. Sus primeros pobladores fueron los bubis, un pueblo bantú que llegó por mar desde el continente hace siglos y desarrolló en la isla una cultura propia, con reyes, aldeas de montaña y una economía de agricultura, caza y recolección. Los bubis llamaban a su isla con nombres propios y vivían relativamente aislados en un territorio volcánico, fértil y lluvioso, coronado por el gran volcán que hoy conocemos como Pico Basilé.
En 1472 —según la tradición— el navegante portugués Fernão do Pó avistó la isla mientras exploraba el golfo de Guinea al servicio de la corona de Portugal. Impresionado por su exuberante vegetación, la bautizó 'Formosa Flora', 'flor hermosa', aunque pronto pasaría a llamarse Fernando Poo por su descubridor. Portugal reclamó nominalmente la isla y hacia 1507 intentó establecer una factoría azucarera en la zona de la actual Riaba, pero la resistencia de los bubis y las enfermedades tropicales frustraron aquella colonización temprana.
Durante casi tres siglos, Fernando Poo quedó al margen de la ocupación europea efectiva. En 1778, por el Tratado de El Pardo, Portugal cedió a España la isla y otros territorios del golfo de Guinea a cambio de concesiones en América del Sur. Pero España tampoco logró asentarse: la expedición del conde de Argelejos (1778) terminó en desastre por las fiebres, y la isla siguió siendo, durante décadas, tierra de los bubis y escala ocasional de barcos, sin una ciudad europea que la vertebrara.
La ciudad como tal nació en el siglo XIX y, curiosamente, no de la mano de España sino de Gran Bretaña. En 1827, con España incapaz de ocupar la isla, Londres obtuvo permiso para instalar allí una base naval. Ese año, el capitán William FitzWilliam Owen fundó en la costa norte, sobre un magnífico puerto natural encajado en un antiguo cráter, un asentamiento que bautizó Port Clarence, en honor al duque de Clarence, futuro rey Guillermo IV de Inglaterra.
El propósito de Port Clarence era combatir la trata atlántica de esclavos. Tras la abolición del comercio de esclavos en el imperio británico, la Royal Navy patrullaba el golfo de Guinea para interceptar a los barcos negreros, y necesitaba una base donde reabastecerse y desembarcar a los africanos liberados. Muchos de esos hombres y mujeres rescatados de los barcos —los llamados 'krios' o fernandinos— se asentaron en la ciudad, junto a misioneros y comerciantes, y formaron una comunidad criolla de habla inglesa que dejó honda huella cultural en la isla.
El dominio británico sobre Fernando Poo fue efímero: entre 1827 y 1843 los ingleses gestionaron Port Clarence y otros puestos, pero nunca obtuvieron de España la cesión definitiva de la isla, que seguía siendo, en el papel, territorio español desde 1778. Cuando Londres decidió trasladar su base antiesclavista a Sierra Leona, dejó tras de sí una ciudad ya formada, con puerto, iglesia y una peculiar población criolla, lista para cambiar de manos.
España reaccionó para no perder la isla. En marzo de 1843, el brigadier Juan José de Lerena izó el pabellón español en Port Clarence y tomó posesión efectiva en nombre de la reina. La ciudad fue rebautizada Santa Isabel, en honor a Isabel II de Borbón, y se convirtió poco a poco en la capital de los territorios españoles del golfo de Guinea. A partir de mediados del siglo XIX, con la llegada de gobernadores, misioneros claretianos y colonos, Santa Isabel creció como núcleo administrativo, portuario y religioso.
La economía de la isla se transformó con el cacao. Fernando Poo resultó ideal para el cultivo del cacao, que hacia finales del siglo XIX y en el XX convirtió a la colonia en una próspera región agroexportadora. Las fincas cacaoteras atrajeron mano de obra —incluidos miles de braceros traídos de Nigeria— y enriquecieron a una élite de plantadores fernandinos y peninsulares. Santa Isabel se dotó de edificios coloniales de galerías de madera, plazas, la catedral neogótica de Santa Isabel (levantada entre finales del siglo XIX y comienzos del XX) y un ambiente de pequeña capital tropical española.
En el siglo XX, la Guinea española se organizó administrativamente y, entre 1959 y 1968, sus territorios fueron considerados provincias españolas: Fernando Poo, con capital en Santa Isabel, y Río Muni, en el continente. La ciudad vivió entonces su época de mayor esplendor colonial, con calles arboladas, comercios, cines y una vida social intensa, siempre sobre el trasfondo de una sociedad colonial desigual entre la minoría europea y la mayoría africana.
El 12 de octubre de 1968, Guinea Ecuatorial se independizó de España y Santa Isabel se convirtió en la capital del nuevo país. El primer presidente, Francisco Macías Nguema, instauró muy pronto una de las dictaduras más brutales del África poscolonial: régimen de partido único, culto a la personalidad, persecución de opositores, clero e intelectuales, y un éxodo masivo de guineanos y del personal español. Aquellos años de terror —a veces comparados con los peores regímenes del siglo— arruinaron la economía del cacao y sumieron a la ciudad en el abandono.
En 1973, dentro de su política de 'autenticidad' y ruptura con el pasado colonial, Macías cambió el nombre de la ciudad: Santa Isabel pasó a llamarse Malabo, en memoria de Malabo (Möókáta), un rey bubi de la isla. Muchos topónimos españoles fueron africanizados en esos años. Pero el nuevo nombre no trajo prosperidad: bajo Macías, Malabo y todo el país sufrieron una represión feroz y un colapso material que dejó cicatrices profundas.
En agosto de 1979, Macías fue derrocado por un golpe de Estado encabezado por su sobrino, el teniente coronel Teodoro Obiang Nguema Mbasogo, que lo hizo juzgar y fusilar. Obiang asumió el poder y lo ha conservado desde entonces, convirtiéndose en uno de los jefes de Estado más longevos del mundo. Malabo siguió siendo la capital, y a partir de los años noventa su destino quedaría ligado a un recurso que lo cambiaría todo: el petróleo.
El descubrimiento de importantes yacimientos de petróleo y gas en aguas del golfo de Guinea a mediados de los años noventa transformó radicalmente a Malabo y a todo el país. En pocos años, Guinea Ecuatorial pasó a ser uno de los mayores productores de crudo del África subsahariana y, en términos de renta por habitante, uno de los países más 'ricos' del continente sobre el papel, aunque con enormes desigualdades. Malabo se llenó de compañías petroleras, expatriados, hoteles internacionales, obras y torres modernas que crecieron junto al viejo casco colonial.
El Estado invirtió en grandes proyectos de prestigio. Cerca de la ciudad se levantó el lujoso complejo de Sipopo, sede de cumbres internacionales, con hotel de lujo, campo de golf y centro de conferencias. Malabo acogió cumbres de la Unión Africana y otros eventos con los que el país buscó proyección internacional. Al mismo tiempo, buena parte de la población seguía sin beneficiarse de la riqueza petrolera, y el país arrastraba señalamientos por la falta de libertades y la concentración del poder.
El giro más reciente llegó en enero de 2026: por decreto presidencial, la capital oficial del país dejó de ser Malabo y pasó a ser Ciudad de la Paz (Djibloho), una ciudad planificada construida desde cero en la selva del interior continental. Con casi dos siglos de historia como capital —primero colonial y luego nacional—, Malabo cedía así su rango administrativo. Pero sigue siendo la mayor urbe de Bioko y el corazón económico, diplomático y cultural del país: la ciudad de las aguas del cráter, del cacao y del petróleo, la capital histórica del único país hispanohablante de África.