Santiago de Querétaro fue fundada el 25 de julio de 1531, día de Santiago Apóstol, en un punto de encuentro entre dos mundos. La zona estaba habitada por pueblos indígenas —otomíes y chichimecas, principalmente—, y la fundación se asocia a la figura del cacique otomí Conín, que tras su conversión al cristianismo adoptó el nombre de Fernando de Tapia y colaboró con los conquistadores españoles, junto a Juan Sánchez de Alanís.
La tradición rodea el origen de la ciudad de leyenda. Se cuenta que, en el cerro del Sangremal, otomíes aliados a los españoles y chichimecas libraron una batalla decisiva, y que en pleno combate se habría aparecido en el cielo el apóstol Santiago junto a una cruz, lo que llevó a sellar la paz y a fundar la ciudad bajo su advocación: de ahí el nombre de Santiago de Querétaro. La palabra 'Querétaro', de origen indígena, suele traducirse como 'lugar de peñascos' o 'isla de las salamandras azules', según las distintas interpretaciones.
La ubicación resultó estratégica. Querétaro quedó en el cruce de caminos hacia el norte de la Nueva España, lo que la convertiría en una pieza clave del Camino Real de Tierra Adentro, la gran ruta que comunicaba la Ciudad de México con las minas de plata de Zacatecas y el septentrión. Esa posición fronteriza, entre el México central ya conquistado y las tierras chichimecas aún por colonizar, marcaría su destino como punto de paso, comercio y evangelización.
Durante los siglos XVI, XVII y XVIII, Querétaro vivió un largo período de prosperidad al amparo de su posición sobre el Camino Real de Tierra Adentro. Por la ciudad pasaban la plata de las minas del norte, las mercancías y los viajeros, lo que impulsó el comercio, la agricultura y los obrajes textiles. Querétaro se convirtió en una de las ciudades más ricas e importantes de la Nueva España, lo que se reflejó en una intensa actividad constructiva.
La ciudad fue también un gran centro de evangelización. Las órdenes religiosas —franciscanos, agustinos, dominicos, jesuitas y otras— levantaron templos, conventos y colegios. El Convento de la Santa Cruz, sobre el cerro del Sangremal, fue el primer Colegio Apostólico de Propaganda Fide de toda América, un seminario de misioneros que partían a evangelizar el norte del virreinato, las Californias y Texas; de aquí salió Fray Junípero Serra. A mediados del siglo XVIII, ese mismo impulso misionero levantó las Misiones Franciscanas de la Sierra Gorda, hoy Patrimonio de la Humanidad.
El esplendor virreinal dejó a Querétaro un patrimonio arquitectónico excepcional: templos barrocos como Santa Rosa de Viterbo y Santa Clara, casonas, plazas y, sobre todo, el monumental Acueducto, construido entre 1726 y 1738 para llevar agua a la ciudad, con sus 74 arcos de cantera rosa. Ese conjunto urbano, en el que se mezclan el trazado español y el indígena, es el que la UNESCO reconocería siglos después como Patrimonio Mundial.
A comienzos del siglo XIX, Querétaro se convirtió en el escenario donde se encendió la chispa de la Independencia de México. En la ciudad, bajo la apariencia inofensiva de tertulias literarias y culturales, un grupo de criollos descontentos con el dominio español conspiraba para levantarse en armas. El centro de esas reuniones era la casa del corregidor Miguel Domínguez y de su esposa, doña Josefa Ortiz de Domínguez, que pasaría a la historia como 'la Corregidora'.
En aquellas tertulias participaban figuras que serían claves en la guerra: el sacerdote Miguel Hidalgo, los capitanes Ignacio Allende y Juan Aldama, entre otros. El plan era iniciar el levantamiento a fines de 1810. Pero, a mediados de septiembre, la conspiración fue descubierta y denunciada a las autoridades, que comenzaron a detener a los implicados y a registrar las casas en busca de armas escondidas.
Fue entonces cuando Josefa Ortiz tuvo su momento heroico. Encerrada bajo llave por su propio marido —el corregidor, que debía actuar como autoridad— para impedir que avisara a los conspiradores, ella logró hacer llegar la advertencia: según el relato tradicional, taconeando o golpeando el piso para alertar al alcaide de confianza, consiguió mandar el aviso a Allende e Hidalgo. Al saberse descubiertos, Hidalgo decidió adelantar el levantamiento, y en la madrugada del 16 de septiembre de 1810 lanzó en Dolores el llamado 'Grito de Dolores', que dio inicio a la guerra de Independencia. Por su participación, la Corregidora sufrió años de prisión en conventos y se convirtió en heroína nacional.
Medio siglo después de la Conspiración, Querétaro volvió a ser escenario de un capítulo decisivo de la historia mexicana, esta vez trágico. Tras la intervención francesa y la instauración del Segundo Imperio, el archiduque austríaco Maximiliano de Habsburgo había sido coronado emperador de México con el apoyo de Napoleón III y de los conservadores. Pero el gobierno republicano de Benito Juárez nunca dejó de combatirlo, y cuando Francia retiró sus tropas, el imperio se desmoronó.
En 1867, acorralado por las fuerzas republicanas, Maximiliano se refugió en Querétaro con sus principales generales. La ciudad fue sometida a un largo y duro sitio que terminó con su caída en mayo de ese año. El emperador fue hecho prisionero y recluido en el Convento de la Santa Cruz, donde pasó sus últimos días; luego fue juzgado por un consejo de guerra que se reunió en el Teatro de Iturbide (hoy Teatro de la República) y condenado a muerte.
La mañana del 19 de junio de 1867, Maximiliano de Habsburgo fue fusilado en el Cerro de las Campanas, en las afueras de Querétaro, junto a los generales mexicanos Miguel Miramón y Tomás Mejía. Su ejecución puso fin al Segundo Imperio Mexicano y a la intervención extranjera, y consolidó el triunfo de la República y de las Leyes de Reforma. Años más tarde, el gobierno de Austria-Hungría mandó construir en el lugar una pequeña capilla expiatoria en memoria del emperador, que todavía se conserva junto a la gran estatua de Benito Juárez que corona el cerro.
Querétaro sumó un tercer gran episodio a su historia en el siglo XX. En plena Revolución Mexicana, el presidente Venustiano Carranza convocó a un Congreso Constituyente para redactar una nueva carta magna que recogiera las demandas sociales del movimiento revolucionario. La ciudad de Querétaro fue elegida como sede, y el Teatro de Iturbide —rebautizado Teatro de la República— se convirtió en el recinto de las sesiones.
Allí, el 5 de febrero de 1917, se promulgó la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, una de las más avanzadas de su tiempo por incluir derechos sociales, laborales y agrarios pioneros. Esa Constitución, todavía vigente, rige la vida política de México hasta hoy, y por ese motivo a Querétaro se la conoce como 'la cuna de la Constitución' o 'madre de la Constitución'. La ciudad había sido, además, capital provisional de la República durante esos años convulsos.
A lo largo del siglo XX y XXI, Querétaro vivió una notable transformación. De ciudad histórica y provinciana pasó a convertirse en uno de los polos industriales, tecnológicos y económicos más dinámicos de México, con fuerte crecimiento poblacional y un nivel de vida elevado. Ese progreso convivió con el cuidado de su patrimonio: en 1996, la UNESCO inscribió el Centro Histórico de Santiago de Querétaro en la lista del Patrimonio Mundial, reconociendo la excepcional conservación de su casco colonial y la convivencia singular del trazado urbano español y el de los barrios indígenas. Hoy Querétaro combina, como pocas, la memoria histórica de un país y el empuje de una ciudad moderna.