El origen del departamento es la Colonia del Sacramento, fundada por el gobernador portugués de Río de Janeiro Manuel Lobo el 20 de enero de 1680, exactamente frente a Buenos Aires, en la orilla oriental del Río de la Plata. Portugal buscaba disputar a España el control del estuario y el acceso a la riqueza ganadera y al comercio de la plata.
Durante casi un siglo la plaza fue un foco de contrabando y de guerra que cambió de manos una y otra vez entre las coronas portuguesa y española: sufrió cinco sitios, fue destruida varias veces y reconstruida otras tantas, hasta quedar definitivamente en poder español con el Tratado de San Ildefonso de 1777.
Ese pasado dejó una ciudad única, donde se funden los estilos portugués y español en un trazado irregular, distinto del damero hispánico, con calles empedradas, casas bajas y patios coloniales. El Barrio Histórico de Colonia del Sacramento fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en 1995, como ejemplo excepcional del cruce de las tradiciones lusa e hispánica.
Su faro sobre las ruinas del convento de San Francisco, su Portón de Campo y su calle de los Suspiros, sus museos y su ambiente detenido en el tiempo hacen de la ciudad uno de los principales destinos turísticos del país. Su cercanía a Buenos Aires, a un paso en barco por el Río de la Plata, la convierte en escapada favorita de los argentinos.
El departamento de Colonia es también tierra de inmigración organizada. A mediados del siglo XIX se establecieron colonias europeas: los valdenses —protestantes de origen piamontés— fundaron Colonia Valdense en 1858, y en 1862 llegó a Nueva Helvecia (Colonia Suiza) un gran contingente de inmigrantes suizos, con aportes alemanes, austríacos, italianos y franceses, impulsados por la crisis económica de sus regiones de origen.
Estos colonos dejaron una impronta europea profunda: introdujeron la primera trilladora mecánica del país, fueron pioneros de la industria quesera y lechera, fundaron una escuela de lechería y conservaron sus fiestas, su arquitectura y sus costumbres, que aún distinguen a estas localidades del resto del interior.
Carmelo, sobre el arroyo de las Vacas y frente al delta del río Uruguay, fue fundada por voluntad de José Artigas, que en 1816 aceptó el traslado de los habitantes del antiguo poblado de las Víboras. Hoy es un centro de turismo, náutica y sobre todo enoturismo, rodeado de bodegas, viñedos de tannat y quintas, con marinas y hoteles de campo que atraen a un turismo de bodegas y descanso.
Esa vocación vitivinícola y agrícola, junto con la lechería, hace del departamento uno de los grandes polos lecheros y de producción de vino del Uruguay, con una tradición de trabajo de la tierra heredada de sus colonos europeos.
La historia de Colonia es la de un territorio disputado entre dos imperios y luego integrado por la inmigración: de la plaza fuerte portuguesa al puerto de escapada, de la vaquería colonial a la moderna cuenca lechera y vitivinícola. Su cercanía con Buenos Aires marca hasta hoy su vida económica y turística.
Con su capital patrimonial, sus colonias europeas, sus bodegas y su campo productivo, Colonia condensa buena parte de la historia uruguaya: la del choque entre España y Portugal, la de la inmigración europea y la del país agroexportador y turístico del presente.