La historia de Cluj-Napoca empieza en la antigüedad. Antes de los romanos, la zona estuvo habitada por los dacios, el pueblo que dominó estas tierras. Tras la conquista romana de Dacia por el emperador Trajano a principios del siglo II, se fundó aquí la ciudad de Napoca, que prosperó como núcleo urbano y alcanzó el rango de municipio y luego de colonia, con foro, termas y calles trazadas a la manera romana. Ese origen latino es el que reivindica la segunda parte del nombre actual de la ciudad.
Tras la retirada romana de Dacia en el siglo III y las convulsiones de las grandes migraciones, Napoca se despobló y su rastro se perdió durante siglos oscuros. La ciudad medieval que renacería en el lugar tendría un origen distinto.
En la Edad Media, con Transilvania ya integrada en el reino de Hungría, se desarrolló en el mismo emplazamiento la ciudad de Cluj (Kolozsvár en húngaro, Klausenburg en alemán). Como en otras ciudades transilvanas, los reyes húngaros favorecieron el asentamiento de colonos sajones alemanes, que junto a la población húngara impulsaron su crecimiento como plaza comercial y artesanal. En el siglo XIII, Cluj empezaba a perfilarse como una de las localidades importantes de la región, un ascenso que se aceleraría en los siglos siguientes hasta convertirla en una de las grandes ciudades de Transilvania.
Durante los siglos XIV y XV, Cluj se consolidó como una próspera ciudad amurallada, con sus gremios de artesanos, sus iglesias y su comercio. El monumento que mejor simboliza esa época es la iglesia gótica de San Miguel, levantada entre los siglos XIV y XV, una de las mayores de Transilvania y aún hoy el corazón de la ciudad.
El gran hijo de Cluj nació aquí en 1443: Matías Corvino (Matthias Corvinus, Matei Corvin en rumano), que llegaría a ser rey de Hungría y uno de los monarcas más brillantes del Renacimiento europeo. Bajo su reinado (1458-1490), Hungría alcanzó su apogeo político y cultural; Matías fue un gran mecenas de las artes y las letras, reunió una de las bibliotecas más célebres de la época (la Biblioteca Corviniana) y frenó el avance otomano. La casa donde se cree que nació todavía se conserva en el centro de Cluj, y su monumental estatua ecuestre preside la Plaza de la Unión, ante la iglesia de San Miguel.
El siglo XVI trajo grandes cambios. Tras la derrota de Hungría ante los otomanos en Mohács (1526), Transilvania se convirtió en un principado autónomo, vasallo del sultán, y Cluj fue una de sus ciudades principales. Fue también un hervidero religioso: la Reforma protestante prendió con fuerza, y Cluj se convirtió en un foco del luteranismo, el calvinismo y, muy especialmente, del unitarismo, una corriente que aquí encontró refugio bajo la tolerancia religiosa del Edicto de Turda (1568), pionero en Europa. La ciudad fue un notable centro cultural, con imprentas y colegios.
A comienzos del siglo XVIII, tras la retirada otomana, Transilvania —y con ella Cluj— pasó a la monarquía de los Habsburgo, el Imperio austríaco. Durante buena parte de este periodo, Cluj (Kolozsvár) fue la capital administrativa y cultural del Gran Principado de Transilvania, sede de la dieta (la asamblea) y centro de la vida política y social de la aristocracia húngara de la región.
La ciudad se embelleció con palacios barrocos, como el suntuoso Palacio Bánffy (1774-1785), residencia de una de las grandes familias nobles y hoy sede del Museo de Arte. Cluj se afirmó como el principal foco de la cultura húngara en Transilvania: se desarrollaron su vida teatral, editorial y educativa, y en el siglo XIX se consolidó una universidad que la convirtió en un gran centro del saber.
El siglo XIX fue también el del despertar de los nacionalismos. La numerosa población rumana de Transilvania, mayoritaria en el conjunto de la región pero durante siglos sin plenos derechos, fue ganando conciencia nacional, mientras la élite húngara defendía su predominio. La revolución de 1848, que en Transilvania enfrentó violentamente a húngaros y rumanos (el héroe rumano Avram Iancu lideró a los suyos), y luego el compromiso que creó Austria-Hungría en 1867, marcaron una época de tensiones nacionales que estallarían en el siglo siguiente. Cluj vivía como una ciudad de mayoría húngara en una región de mayoría rumana.
El fin de la Primera Guerra Mundial cambió el destino de Cluj. Con la derrota de Austria-Hungría, la Gran Asamblea de Alba Iulia proclamó el 1 de diciembre de 1918 la unión de Transilvania con el Reino de Rumanía, y Cluj pasó a formar parte del Estado rumano, aunque seguía teniendo una mayoría de población húngara. La ciudad se convirtió en un símbolo de la nueva Transilvania rumana: se construyó la gran Catedral Ortodoxa en la plaza hoy llamada Avram Iancu, y la universidad pasó a manos rumanas, en un proceso no exento de tensiones con la comunidad húngara.
El siglo XX fue convulso. Entre 1940 y 1944, por el Segundo Arbitraje de Viena impuesto por la Alemania nazi, el norte de Transilvania, incluida Cluj, volvió temporalmente a Hungría, aliada del Eje; en ese periodo, la comunidad judía de la ciudad, numerosa y floreciente, fue deportada en 1944 a Auschwitz, donde la mayoría fue asesinada, una tragedia que la ciudad recuerda con sobriedad. Tras la guerra, Cluj regresó a Rumanía.
Durante el régimen comunista, la ciudad se industrializó y creció, y su composición se fue equilibrando con la llegada de población rumana. En 1974, el régimen de Ceaușescu añadió oficialmente 'Napoca' al nombre —Cluj-Napoca—, subrayando el origen romano de la ciudad en clave nacionalista. En los años 90, tras la caída del comunismo, Cluj vivió un periodo de fuerte tensión interétnica bajo un alcalde nacionalista rumano, que finalmente se superó.
Hoy Cluj-Napoca es una de las ciudades más prósperas, jóvenes y dinámicas de Rumanía: la gran capital universitaria del país, con más de cien mil estudiantes, un potente polo tecnológico, una intensa vida cultural y algunos de los mayores festivales de música de Europa del Este. Rumana y húngara, histórica y moderna, es el mejor ejemplo del rostro joven y europeo de la Transilvania de hoy.