Bajo la tranquila capital del Algarve late una ciudad de más de dos mil quinientos años. Los orígenes de Faro se remontan a la colonización fenicia del occidente mediterráneo, hacia el siglo VIII a.C., cuando estos navegantes establecieron factorías comerciales en la costa sur de la península Ibérica. De ahí procede, según la interpretación más difundida, el nombre antiguo de la ciudad: Ossonoba, que se ha vinculado a una expresión que significaría algo así como 'almacén en la marisma', una descripción muy apropiada para un asentamiento asomado a la actual Ria Formosa.
Con la llegada de Roma, Ossonoba se convirtió en una ciudad de peso. Entre el siglo III a.C. y el siglo IV d.C. formó parte de la provincia de Lusitania y alcanzó una notable importancia regional: tuvo foro y templo, cuyos restos han aparecido en excavaciones, y llegó a acuñar moneda propia, señal de su relevancia. Su prosperidad se basaba en el mar. Como otras ciudades del litoral atlántico, Ossonoba vivía de la producción de garum —la valiosa salsa de pescado fermentado apreciada en todo el imperio— y de las salazones, que exportaba a numerosas ciudades romanas. El notable mosaico romano con la cabeza del dios Océano que se conserva en el museo municipal es un testimonio elocuente de aquella época.
Tras la crisis del imperio llegaron los pueblos germánicos, y Ossonoba fue sede de un obispado ya en época visigoda, lo que confirma que siguió siendo un centro urbano y religioso de referencia en el extremo sur de Hispania. Esa continuidad —fenicios, romanos, visigodos— es la base sobre la que se levantarían las capas siguientes de la historia de la ciudad.
En el año 713, pocos años después del desembarco musulmán en la península, la ciudad fue ocupada por los árabes y bereberes que estaban conquistando Hispania. Ossonoba quedó integrada en al-Ándalus y pasó a formar parte del al-Gharb, el 'occidente' andalusí que dio nombre al actual Algarve. Durante los siglos siguientes, bajo dominio islámico, la ciudad mantuvo su vida urbana y comercial, y en ella convivió una importante comunidad cristiana —los mozárabes—, que conservó su fe bajo el poder musulmán.
En el siglo IX la ciudad adquirió un nombre nuevo, Santa María Ibn Harún, en honor al fundador de la dinastía de los Banu Harún, la familia que gobernó la pequeña taifa de Santa María do al-Gharb. Tras la desintegración del califato de Córdoba a comienzos del siglo XI, al-Ándalus se fragmentó en numerosos reinos independientes, las taifas, y esta zona del suroeste llegó a constituir una de ellas, con capital en la propia ciudad. Es la etapa que legó a Faro buena parte de su trazado antiguo y su cintura amurallada, cuyos restos aún se aprecian en la Cidade Velha; el arco de herradura conservado en la base del posterior Arco da Vila es un recuerdo tangible de aquella muralla islámica.
De este período procede también la fisonomía del casco viejo, con sus callejuelas estrechas y su disposición orgánica, tan distinta de la retícula romana. La ciudad musulmana de Santa María fue un centro próspero y culto del al-Gharb durante varios siglos, hasta que el avance de los reinos cristianos del norte fue estrechando el cerco sobre el sur peninsular.
La conquista cristiana del sur de Portugal fue un proceso largo que culminó, precisamente, en Faro. En 1249, las tropas del rey Afonso III tomaron la ciudad a los musulmanes. Con ella caía la última plaza importante del Algarve que permanecía en manos islámicas: la conquista de Faro completó, en la práctica, la Reconquista del territorio del actual Portugal, que quedó así configurado en sus fronteras con siglos de antelación respecto a la vecina Castilla. Por eso los reyes portugueses añadieron a su título el de 'rey de Portugal y del Algarve', reflejando esa incorporación.
La toma de la ciudad no supuso, al menos de inmediato, la expulsión de toda la población musulmana. Buena parte de la comunidad mudéjar siguió viviendo en Faro, y en 1269 recibió una carta real que le garantizaba libertad de culto y el derecho a conservar sus propiedades a cambio del pago de un impuesto especial, en una convivencia que se prolongó durante generaciones. La ciudad se cristianizó progresivamente: sobre el solar del antiguo templo, luego mezquita, se levantó la catedral, la Sé, iniciada tras la conquista.
A lo largo de la Baja Edad Media y el Renacimiento, Faro fue ganando peso frente a otras ciudades del Algarve. En 1540 fue elevada oficialmente al rango de ciudad. Su puerto, su comercio y su condición de sede episcopal —el obispado se trasladó aquí desde Silves— la convirtieron en un centro cada vez más importante, con una notable actividad económica y cultural. Fue incluso uno de los primeros lugares de Portugal donde funcionó una imprenta, ligada a la comunidad judía, en el siglo XV. Ese ascenso, sin embargo, la convirtió también en objetivo de sus enemigos.
En 1580, Portugal quedó unido a la corona española bajo Felipe II, en lo que se conoce como la Unión Ibérica. Esa unión arrastró al país a los conflictos de la monarquía hispánica, y en particular a su enfrentamiento con la Inglaterra de Isabel I. Faro pagó las consecuencias en 1596. Aquel año, una gran expedición inglesa que había atacado y saqueado Cádiz puso rumbo, de regreso, a las costas del Algarve. Al frente iba Robert Devereux, segundo conde de Essex, favorito de la reina.
Las fuerzas inglesas desembarcaron y asaltaron Faro, que fue tomada, saqueada e incendiada. Los atacantes causaron grandes destrozos: quemaron buena parte de las iglesias y edificios de la ciudad y se llevaron un botín considerable. Entre lo saqueado había un tesoro peculiar: la biblioteca del obispo de Faro, Fernando Martins Mascarenhas, un valioso conjunto de libros. Aquellos volúmenes viajaron a Inglaterra como parte del botín y acabaron en manos de Thomas Bodley, que los incorporó al fondo con el que refundó, pocos años después, la biblioteca de la Universidad de Oxford. Así, la actual Bodleian Library —una de las bibliotecas más famosas del mundo— cuenta entre sus orígenes con los libros arrancados a Faro en 1596, donde permanecen. Es un hecho histórico real y una de las anécdotas más singulares de la ciudad.
El saqueo de Essex fue un golpe durísimo para Faro, que perdió gran parte de su patrimonio y hubo de reconstruirse. Pero las mayores catástrofes aún estaban por llegar, y esta vez no vendrían de la mano de los hombres, sino de la tierra.
El siglo XVIII trajo a Faro dos grandes desastres sísmicos. El primero fue el terremoto de 1722, que sacudió con fuerza el Algarve oriental y causó daños y víctimas en la ciudad y su comarca. El segundo, mucho más devastador, fue el gran terremoto de Lisboa del 1 de noviembre de 1755, uno de los mayores seísmos de la historia europea. Aunque su nombre evoca a la capital, el epicentro submarino se situó frente al cabo de San Vicente, muy cerca del Algarve, por lo que toda la región quedó entre las más golpeadas. En Faro murieron más de doscientas personas y la mayoría de los edificios sufrieron daños considerables; iglesias, conventos y casas quedaron arruinados o muy dañados.
La reconstrucción posterior configuró en buena medida la ciudad que vemos hoy, con su mezcla de elementos góticos, renacentistas y barrocos fruto de sucesivas obras sobre las estructuras dañadas. Pese a los golpes, Faro consolidó a lo largo de los siglos XVIII y XIX su papel como principal ciudad del Algarve. En 1834 se convirtió oficialmente en capital del distrito, condición administrativa que mantiene, y su puerto y su comercio la afianzaron como centro de la región. La Capela dos Ossos, levantada en el siglo XIX junto a la Igreja do Carmo con los huesos de más de mil frailes, pertenece a esta etapa y se ha convertido, curiosamente, en uno de sus emblemas turísticos.
El siglo XX terminó de definir la Faro contemporánea. La apertura del Aeropuerto de Faro en 1965 fue decisiva: convirtió a la ciudad en la gran puerta de entrada del turismo internacional al Algarve —muy especialmente del británico e irlandés— y transformó la economía de toda la región. A ello se sumó, ya en las últimas décadas, la Universidad del Algarve, que dio a Faro vida estudiantil y peso cultural. Hoy Faro es una capital tranquila y a menudo subestimada, marcada por su condición de lugar de paso, pero con más de dos milenios de historia a sus espaldas y con la belleza serena de la Ria Formosa como telón de fondo.