Kotor nació donde la montaña se hunde en el mar. En el rincón más profundo de la bahía de Kotor, protegido por paredes de roca de más de mil metros, hubo asentamientos humanos desde tiempos muy antiguos. La cumbre del monte San Juan (Sveti Ivan), que hoy corona la fortaleza, ya estaba fortificada en época iliria, cuando estas costas eran dominio de tribus como los enchelei y, más tarde, del reino ilirio que Roma acabaría sometiendo. Los ilirios de la región eran hábiles navegantes y, según las fuentes antiguas, temibles piratas del Adriático, una fama que la geografía de ensenadas escondidas de la Boka favorecía.
Los romanos incorporaron la zona a la provincia de Dalmacia y fundaron o refundaron aquí una localidad llamada Acruvium (a veces Ascrivium), citada por geógrafos antiguos como Plinio el Viejo. Situada en un punto estratégico del fondo de la bahía, buen refugio natural para los barcos, la ciudad romana fue el germen del Kotor posterior. Con la división del Imperio, esta costa quedó dentro de la órbita del Imperio bizantino, y la bahía —difícil de atacar, fácil de defender— se consolidó como plaza fuerte. De aquellos siglos quedan pocos restos visibles, pero la lógica del lugar ya estaba escrita: una ciudad pegada al agua, guardada por murallas que trepaban la montaña, viviendo del mar.
Durante la alta Edad Media, Kotor fue una ciudad marítima que supo maniobrar entre potencias. En el siglo IX y X aparece como una comunidad autónoma bajo la soberanía nominal de Bizancio, con su propio obispo y una vida comercial cada vez más intensa. La ciudad comerciaba con las repúblicas italianas, con Dubrovnik (Ragusa) —su eterna rival y vecina— y con el interior de los Balcanes, del que le llegaban plata, cera, cueros y otros productos que reexportaba por mar.
Entre 1186 y 1371, Kotor formó parte del reino medieval serbio de la dinastía Nemanjić, y esa etapa fue una de las más brillantes de su historia. Bajo reyes como Esteban Nemanja y sus sucesores, la ciudad conservó amplias libertades, su propio estatuto y su administración, a cambio de lealtad y de servir como principal salida al mar del Estado serbio. Prosperaron el comercio, la orfebrería y la construcción: es de esta época la consagración, en 1166, de la catedral románica de San Trifón, dedicada al santo cuyas reliquias la ciudad veneraba desde el siglo IX y que se convirtió en su patrón y símbolo. Kotor acuñaba moneda, tenía notarios y estatutos escritos, y su flota crecía. Tras la desintegración del Imperio serbio, la ciudad pasó por manos de nobles bosnios y húngaros y por breves períodos de autonomía, siempre buscando el protector que mejor garantizara su comercio y su libertad. Ese equilibrio se rompería a favor de una potencia marítima con la que Kotor compartía cultura y horizonte: Venecia.
En 1420, amenazada por los otomanos y por sus vecinos, la ciudad se entregó voluntariamente a la República de Venecia, que la gobernaría —con el nombre italiano de Cattaro— hasta 1797, casi cuatro siglos. Fue el período que dio a Kotor su rostro actual. Venecia integró la ciudad en su provincia de la Albania Veneciana y la convirtió en una plaza fuerte de primer orden frente al avance turco. Los ingenieros venecianos levantaron y reforzaron la mayor parte de las fortificaciones que hoy admiramos: los casi 4,5 km de murallas que rodean el casco antiguo y trepan hasta la fortaleza de San Juan, las puertas monumentales y los bastiones. Sobre la Puerta del Mar y en muchos edificios aparece el león alado de San Marcos, emblema de la Serenísima.
Bajo Venecia, Kotor y toda la bahía vivieron una edad de oro marítima. Las familias nobles construyeron los palacios de piedra labrada que llenan el casco antiguo —los Drago, Pima, Bizanti, Grgurina— y florecieron la navegación y el comercio. La Boka Kotorska formó una de las flotas mercantes más importantes del Adriático, con capitanes y armadores de Kotor, Perast, Dobrota y Prčanj que surcaban el Mediterráneo; su antiquísima hermandad de marinos, la Bokeljska mornarica, con más de doce siglos de tradición, es todavía hoy un símbolo de identidad. Fue también un tiempo duro: los otomanos, dueños de casi todo el interior, sitiaron Cattaro en 1538 y de nuevo en 1657 sin lograr tomarla; la peste golpeó en 1572; y sobre todo el terremoto de 1667 —el mismo que arrasó Dubrovnik— causó enormes daños y obligó a reconstruir buena parte de la ciudad, incluidos los campanarios de San Trifón, rehechos en estilo barroco y algo asimétricos. Pese a todo, Cattaro resistió, fiel a Venecia hasta el final de la República.
La caída de Venecia en 1797, a manos de Napoleón, abrió un siglo de vaivenes. Por el Tratado de Campoformio, Kotor y la bahía pasaron primero al Imperio austríaco; luego, en las guerras napoleónicas, la zona cambió de manos varias veces: hubo una breve ocupación rusa y montenegrina (1806-1807), con el apoyo de la flota del almirante Seniavin y de los montenegrinos del príncipe-obispo Pedro I, y después el control francés dentro de las Provincias Ilirias. Tras la derrota definitiva de Napoleón, el Congreso de Viena de 1815 adjudicó Kotor y toda la Boka al Imperio austríaco, dentro del Reino de Dalmacia.
Bajo Austria-Hungría, que la gobernó durante un siglo (1815-1918), la bahía fue una importante base naval. Los austríacos modernizaron algunas defensas y Kotor (Cattaro para ellos también) siguió siendo un puerto militar y comercial. En febrero de 1918, en los últimos meses de la Primera Guerra Mundial, la bahía fue escenario de la rebelión de Cattaro, un motín de marineros austrohúngaros —hartos de la guerra y del hambre— que llegaron a izar banderas rojas en sus barcos antes de ser sofocados y ejecutados algunos de sus cabecillas. Terminada la guerra y desmembrado el Imperio austrohúngaro, Kotor y Montenegro se integraron en el nuevo Reino de los Serbios, Croatas y Eslovenos, que sería Yugoslavia. Durante la Segunda Guerra Mundial, la ciudad fue anexionada por la Italia fascista (que reclamaba la vieja Cattaro) y vivió la ocupación y la resistencia partisana, hasta su liberación en 1944, recordada en una placa sobre la Puerta del Mar.
El golpe más reciente y traumático llegó, otra vez, de la tierra. La mañana del 15 de abril de 1979, un violento terremoto de magnitud cercana a 7 sacudió toda la costa montenegrina. En Kotor, el temblor dañó gravemente el casco antiguo: se derrumbaron o quedaron muy afectados numerosos edificios, y la catedral de San Trifón sufrió daños serios. En toda la región murieron alrededor de un centenar de personas y miles de construcciones quedaron inutilizadas. El patrimonio de siglos, que había sobrevivido a asedios y a otros seísmos, se vio de pronto en peligro.
La respuesta fue extraordinaria. Ese mismo año, 1979, la UNESCO inscribió la 'Región natural y cultural-histórica de Kotor' en la lista del Patrimonio de la Humanidad y, a la vez, en la lista de patrimonio en peligro, para movilizar ayuda internacional. Comenzó una restauración larga y meticulosa de las murallas, las iglesias, los palacios y las plazas, que devolvió a la ciudad su esplendor. En 2003, tras décadas de trabajo, Kotor salió por fin de la lista de patrimonio en peligro. En 2017, sus fortificaciones fueron reconocidas además dentro del sitio transnacional 'Obras de defensa venecianas entre los siglos XV y XVII', que agrupa las grandes plazas fuertes de la Serenísima.
Hoy Kotor es, junto con Dubrovnik, una de las joyas del Adriático oriental y uno de los destinos más visitados de Montenegro, país que se independizó de Serbia en 2006. Su puerto recibe grandes cruceros y su casco antiguo se llena en verano, con los problemas de saturación que eso trae. Pero basta madrugar, subir a la fortaleza de San Juan al amanecer o perderse de noche por sus callejones de piedra —vigilados por los famosos gatos de la ciudad— para reencontrar el Kotor de siempre: una pequeña ciudad marinera que, encajada entre la montaña y el mar, lleva más de dos mil años mirando su bahía.