Mucho antes de la llegada de los españoles, los Altos de Chiapas eran tierra maya. Las montañas y valles de esta región fría y boscosa, a más de 2.000 metros de altura, estaban habitadas por pueblos de origen maya, principalmente tzotziles y tzeltales, que aún hoy constituyen una parte esencial de la población de la zona. Estos pueblos descendían de la gran civilización maya que floreció en las tierras bajas de Chiapas, Guatemala y la península de Yucatán, con ciudades como la cercana Palenque, que vivió su esplendor durante el período Clásico.
Hacia el siglo XVI, cuando llegaron los conquistadores, los Altos estaban organizados en señoríos indígenas. La región no tenía una gran ciudad como capital, sino una red de comunidades. La conquista de Chiapas fue dura y resistida, y la fundación de una ciudad española en el corazón de los Altos respondió, en parte, a la necesidad de controlar y evangelizar a esa población indígena.
La pervivencia de la cultura maya es uno de los rasgos que más distinguen a San Cristóbal y su región hasta hoy. Las lenguas tzotzil y tzeltal siguen vivas, los trajes tradicionales se usan a diario, y los pueblos cercanos —como San Juan Chamula y Zinacantán— mantienen formas de organización, creencias y rituales propios, donde el catolicismo introducido por los españoles se fundió con la antigua religiosidad maya en un sincretismo único. Esa continuidad cultural es la que da a San Cristóbal su carácter profundamente indígena.
La ciudad colonial fue fundada el 31 de marzo de 1528 por el conquistador Diego de Mazariegos, en el valle de Jovel, en el corazón de los Altos de Chiapas. Nació con el nombre de Villa Real de Chiapa, como base española para dominar y evangelizar la región. A lo largo de su historia, la ciudad cambió de nombre en varias ocasiones, reflejo de los vaivenes políticos: fue Villaviciosa, San Cristóbal de los Llanos y, durante buena parte de la época colonial, Ciudad Real, nombre con el que fue conocida por mucho tiempo.
Durante el virreinato, Ciudad Real se consolidó como la principal ciudad española de la región y como un importante centro religioso y administrativo. Una particularidad clave de su historia es que Chiapas no dependía del virreinato de Nueva España como el resto del actual México, sino de la Capitanía General de Guatemala, con sede en la ciudad de Guatemala. Esa vinculación con Centroamérica marcó la economía, las rutas comerciales y la cultura de la región durante siglos.
La ciudad se construyó con el característico estilo colonial que aún conserva: trazado en damero, casas de un piso con tejados de teja, patios interiores, plazas e iglesias. Las órdenes religiosas, sobre todo los dominicos, tuvieron un papel central, levantando templos como el de Santo Domingo y organizando la evangelización de las comunidades indígenas de los Altos, no pocas veces en tensión con los intereses de los encomenderos y colonos españoles.
El nombre actual de la ciudad honra a una de las figuras más notables de la historia colonial americana: Fray Bartolomé de las Casas (1484-1566), fraile dominico que pasó a la historia como el gran defensor de los pueblos indígenas frente a los abusos de la conquista. Tras una primera etapa como colono y encomendero en el Caribe, Las Casas experimentó una profunda conversión moral, renunció a sus indios y dedicó el resto de su vida a denunciar las injusticias cometidas contra los pueblos originarios y a luchar por sus derechos ante la Corona española.
En 1545, Bartolomé de las Casas llegó a Ciudad Real como obispo de Chiapas. Su breve y conflictivo paso por la diócesis estuvo marcado por sus intentos de aplicar las Leyes Nuevas, que limitaban la encomienda y protegían a los indígenas, lo que le valió la enemistad de los colonos españoles de la región. Sus enfrentamientos fueron tan duros que terminó dejando el obispado, pero su figura quedó indisolublemente ligada a la ciudad y a la causa indígena.
Las Casas es autor de obras célebres como la 'Brevísima relación de la destrucción de las Indias', un alegato contra los abusos de la conquista que tuvo enorme repercusión. En 1848, la ciudad incorporó oficialmente su apellido a su nombre, pasando a llamarse San Cristóbal de las Casas, en homenaje al obispo defensor de los indígenas. Es un nombre cargado de sentido en una ciudad cuyo destino siempre estuvo entrelazado con el de los pueblos mayas de los Altos.
Cuando llegó la independencia, a comienzos del siglo XIX, Chiapas vivió una situación particular por su histórica pertenencia a la Capitanía General de Guatemala. Al consumarse las independencias de España, la región tuvo que decidir su futuro: ¿unirse a México o a las recién formadas Provincias Unidas de Centroamérica? Tras un período de incertidumbre y deliberaciones, en 1824 Chiapas se incorporó a México mediante un plebiscito, una decisión histórica que definió la pertenencia del estado al país.
Durante buena parte del siglo XIX, San Cristóbal —entonces todavía Ciudad Real— fue la capital del estado de Chiapas y su principal centro político, religioso y cultural. La ciudad concentraba a las élites criollas y al clero, y mantenía su carácter de capital de los Altos. En 1848 recibió oficialmente el nombre de San Cristóbal de las Casas, en honor a su célebre obispo.
El gran cambio llegó en 1892, cuando la capital del estado se trasladó a Tuxtla Gutiérrez, en las tierras bajas, más cálidas y mejor comunicadas, en un movimiento ligado a las nuevas dinámicas económicas y políticas del Porfiriato. San Cristóbal perdió así el rango de capital, pero conservó su peso simbólico como corazón histórico y cultural de los Altos de Chiapas y de su población indígena, un papel que mantiene hasta hoy.
El 1 de enero de 1994, el mismo día en que entraba en vigor el Tratado de Libre Comercio de América del Norte (TLCAN), San Cristóbal de las Casas saltó a la atención mundial. Un grupo armado de indígenas mayas, el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN), tomó por sorpresa la ciudad y otras localidades de Chiapas, en un levantamiento que reclamaba tierra, derechos, democracia y reconocimiento para los pueblos indígenas, históricamente marginados. La imagen de los zapatistas encapuchados, liderados por la figura mediática del Subcomandante Marcos, dio la vuelta al mundo.
El alzamiento armado fue breve en su fase de combate (pocos días), tras los cuales se abrió un largo proceso de diálogo, tensiones y negociaciones entre el EZLN y el gobierno mexicano, que dejó una marca profunda en Chiapas y en la conciencia nacional sobre la situación de los pueblos indígenas. El movimiento zapatista mantuvo después una presencia política y comunitaria en la región, con sus territorios autónomos.
Más allá de aquel episodio, San Cristóbal continuó siendo el gran centro cultural y turístico de los Altos. Su belleza colonial, su clima fresco, su ambiente bohemio y cosmopolita y su riqueza indígena la convirtieron en uno de los destinos más queridos de México. En 2003 fue nombrada Pueblo Mágico, distinción que reconoció su atractivo, y desde entonces ha crecido como base para descubrir las maravillas naturales y arqueológicas de Chiapas: el Cañón del Sumidero, las cascadas, Palenque y los pueblos mayas. Hoy es una ciudad donde conviven la tradición indígena más arraigada y una comunidad internacional de viajeros y residentes, en una mezcla que le da un carácter inconfundible.