Antes de que existiera la Mérida colonial, en el mismo lugar se levantaba una de las ciudades mayas más importantes del noroeste de la península de Yucatán: T'ho, también conocida como Ichcaanzihó (que suele traducirse como 'la ciudad de los cinco cerros', en alusión a sus grandes pirámides). Era un centro urbano y ceremonial de considerable tamaño, con monumentales construcciones de piedra blanca, plazas y templos, parte del rico mundo maya que pobló la península durante siglos.
La cultura maya en Yucatán había florecido en grandes ciudades durante el período Clásico y, tras transformaciones y reacomodos, mantenía en el Posclásico una red de señoríos y centros poblados. T'ho era uno de ellos, un asentamiento relevante en la región, con su propia historia y sus monumentos. La península, a diferencia de otras zonas, carecía de ríos superficiales, por lo que la vida giraba en torno a los cenotes (los pozos naturales de agua dulce), que eran fuente de vida y lugares sagrados.
Cuando llegaron los conquistadores españoles, en el siglo XVI, quedaron impresionados por los antiguos edificios de piedra de T'ho, cuya monumentalidad y blancura les recordaron a las construcciones de la Antigüedad. Esa impresión sería decisiva: no solo dio nombre a la futura ciudad, sino que esos mismos edificios mayas serían desmontados para extraer la piedra con que se levantarían la catedral y los primeros edificios coloniales, en un gesto cargado de simbolismo.
La conquista de Yucatán fue una de las más largas y difíciles de la historia de la Nueva España, encabezada por la familia Montejo a lo largo de varias campañas. Finalmente, el 6 de enero de 1542, Francisco de Montejo 'el Mozo' (hijo del adelantado del mismo nombre) fundó la ciudad española sobre las ruinas de la ciudad maya de T'ho. El nombre elegido fue 'Mérida', en recuerdo de la ciudad de Mérida en Extremadura, España, cuyas imponentes ruinas romanas (la antigua Emérita Augusta) habían quedado en la memoria de los conquistadores, que vieron en los monumentos mayas de T'ho un eco de aquella grandeza antigua.
La fundación tuvo un fuerte carácter simbólico. Los españoles desmontaron las pirámides y templos mayas y usaron sus piedras para construir la nueva ciudad cristiana, empezando por la catedral, levantada en pleno centro sobre el antiguo espacio sagrado. Así, la Mérida colonial nació literalmente sobre y con los materiales de la ciudad maya, en una superposición que marca su identidad. La Casa de Montejo, la mansión del conquistador en la plaza principal, con su fachada plateresca decorada con figuras, es otro testimonio de aquellos primeros tiempos.
Desde su fundación, Mérida se convirtió en la capital y principal ciudad de la península de Yucatán, centro del poder político, religioso y económico de la región. La conquista del territorio continuó durante años, y la población maya, aunque sometida, siguió siendo mayoritaria y mantuvo viva buena parte de su cultura, lengua y tradiciones, en un mestizaje que define hasta hoy a Yucatán.
Durante la época colonial, Yucatán se desarrolló con una marcada identidad propia, en buena medida por su aislamiento geográfico del resto de la Nueva España: separada por selvas y sin buenas comunicaciones terrestres, la península miraba más hacia el mar y el comercio (con el Caribe, el Golfo y el exterior) que hacia el centro de México. Mérida, como capital, era el corazón de esa sociedad yucateca, con su élite criolla, su clero y una mayoría de población maya que sostenía la economía agrícola y ganadera.
Tras la independencia de México, ese sentimiento de identidad separada llevó incluso a tensiones y a episodios en que Yucatán llegó a declararse independiente o a debatir su relación con el resto del país. Pero el acontecimiento más dramático del siglo XIX fue la Guerra de Castas, que estalló en 1847: un masivo y violento levantamiento de la población maya yucateca contra la población criolla y mestiza y el orden establecido, fruto de siglos de explotación y despojo. La guerra fue larguísima y sangrienta, llegó a poner en jaque a las ciudades (incluida la propia Mérida) y dejó amplias zonas del oriente de la península bajo control de los mayas rebeldes durante décadas.
La Guerra de Castas marcó profundamente a Yucatán y a Mérida, y sus consecuencias se prolongaron mucho tiempo. Fue, además, una de las grandes rebeliones indígenas de la historia de América. Mientras tanto, en el occidente de la península, controlado por las élites, empezaba a despuntar el negocio que cambiaría la fortuna de la región y de su capital: el henequén.
Entre fines del siglo XIX y comienzos del XX, Mérida vivió su época de mayor esplendor económico gracias al henequén, una fibra extraída de una variedad de agave que crece en el suelo calcáreo de Yucatán. El henequén, conocido como el 'oro verde', se usaba para fabricar cuerdas, sogas, sacos y cordelería, productos de enorme demanda mundial en la época, sobre todo para la agricultura mecanizada (los hilos para las máquinas atadoras de cosechas). La exportación de henequén, principalmente a Estados Unidos, generó una riqueza colosal.
Esa bonanza se concentró en manos de un puñado de familias —la 'casta divina', como se llamó a la oligarquía henequenera— que explotaban enormes haciendas en el campo (con condiciones de trabajo durísimas, casi de servidumbre, para los peones mayas y otros trabajadores). Con sus inmensas fortunas, estas familias transformaron Mérida en una de las ciudades más ricas y refinadas de México y de América. Construyeron suntuosas mansiones de estilo europeo, sobre todo a lo largo del nuevo Paseo de Montejo, un bulevar inspirado en los grandes paseos parisinos, y trajeron lujos, tecnología (Mérida tuvo de las primeras redes eléctricas y tranvías) y cultura.
Fue la 'Belle Époque' meridana: una ciudad opulenta, afrancesada y cosmopolita, levantada sobre la riqueza del henequén y, hay que decirlo, sobre la explotación de los trabajadores del campo. Las elegantes mansiones del Paseo de Montejo y las grandes haciendas henequeneras que hoy se visitan son el legado material de aquella época dorada y contradictoria.
El auge henequenero no duró para siempre. A lo largo del siglo XX, el negocio del 'oro verde' entró en declive por varios factores: la aparición de las fibras sintéticas (que reemplazaron a las naturales en la cordelería), la competencia internacional, las transformaciones sociales tras la Revolución Mexicana y las reformas agrarias que repartieron las grandes haciendas. La industria henequenera fue languideciendo, y muchas haciendas quedaron abandonadas, marcando el fin de una era para Yucatán y su capital.
Mérida tuvo que reinventarse. A lo largo de las décadas siguientes, la ciudad se consolidó como un importante centro cultural, educativo (con una destacada vida universitaria), comercial y de servicios del sureste mexicano. Su rico patrimonio histórico, su intensa vida cultural (con festivales, música, danza y una fuerte identidad regional), su gastronomía y su carácter tranquilo y habitable fueron ganando reconocimiento.
En las últimas décadas, Mérida ha vivido un nuevo florecimiento, esta vez ligado al turismo y a su calidad de vida. Su seguridad —figura habitualmente entre las ciudades más seguras de México y de América Latina—, su ambiente cultural, su gastronomía yucateca y su condición de puerta de entrada a las maravillas de Yucatán (Chichén Itzá, Uxmal, los cenotes, los pueblos coloniales, las haciendas restauradas, las reservas de flamencos) la han convertido en uno de los destinos más apreciados del país y en un lugar elegido por muchos extranjeros para vivir. De ciudad maya a capital colonial, de cuna del 'oro verde' a capital cultural, Mérida ha sabido reinventarse manteniendo su inconfundible identidad yucateca.