Mucho antes de la llegada de los españoles, la región de las bahías de Manzanillo estaba habitada por pueblos indígenas asentados en torno al antiguo puerto de Salagua. Allí se estableció un poblado llamado Tzalahua, cuyos habitantes desarrollaron una notable actividad artesanal: trabajaban la cerámica, elaboraban figuras de barro y montaban talleres de concha y caracol para la manufactura de collares y ornamentos. El mar y la laguna costera eran la base de su economía, con la pesca, la recolección de moluscos y el comercio entre los pueblos del litoral.
La costa colimense formaba parte de un mosaico cultural en el que convivieron distintos grupos a lo largo de los siglos, vinculados a las tradiciones del Occidente mexicano. Esta región es célebre por sus tumbas de tiro y por la cerámica de las culturas de Colima, con sus famosos perritos (los xoloitzcuintles modelados en barro), que dan testimonio de sociedades complejas y de un intenso trabajo artesanal mucho antes de la conquista.
El nombre 'Salagua' (a veces escrito Zalahua o Tzalahua) quedó asociado al puerto natural protegido que más tarde los españoles aprovecharían como fondeadero. De aquel sustrato indígena nacería, con el correr de los siglos, la ciudad de Manzanillo, aunque su fisonomía cambiaría por completo con la llegada de los conquistadores y el papel estratégico que el puerto tendría en la navegación del Pacífico.
Tras la caída de Tenochtitlan, los conquistadores españoles avanzaron hacia el occidente en busca de salidas al 'Mar del Sur', como llamaban al océano Pacífico. En 1522, el capitán Gonzalo de Sandoval, uno de los lugartenientes de Hernán Cortés, llegó hasta el puerto de Salagua y recorrió el litoral colimense, reconociendo la bahía como un fondeadero apto para la navegación.
El hito fundacional de la exploración llegó el 24 de julio de 1527, cuando Álvaro de Saavedra Cerón —primo de Cortés— reconoció y exploró por primera vez las bahías de Manzanillo. De estos puertos del Pacífico partirían expediciones rumbo a las islas de la Especiería y, más adelante, hacia las Filipinas, en el marco de los esfuerzos españoles por encontrar una ruta de navegación a través del océano. Las bahías colimenses, junto a otros puertos como el de Acapulco, formaron parte de esa temprana red marítima novohispana.
Durante la época colonial, Salagua y la naciente Manzanillo cumplieron un papel modesto pero estratégico: eran fondeaderos donde se reparaban naves, se cargaba madera y provisiones y, sobre todo, ofrecían refugio en una costa larga y poco poblada. Esa misma soledad, sin embargo, los expondría a uno de los grandes peligros de los mares del Pacífico durante los siglos XVI y XVII: los piratas y corsarios que acechaban al riquísimo Galeón de Manila.
Las bahías de Manzanillo, escondidas y protegidas, se convirtieron en uno de los escenarios de la guerra de corso en el Pacífico novohispano. Durante más de dos siglos, el Galeón de Manila (la 'Nao de China') cruzó el océano cargado de sedas, porcelanas y especias asiáticas rumbo a Acapulco, y su inmensa riqueza atrajo a piratas y corsarios europeos que merodeaban la costa esperando interceptarlo.
En 1587, el pirata inglés Thomas Cavendish recorrió las costas del Mar del Sur al mando de dos naves, quemó astilleros y logró su mayor golpe: capturó cerca de Cabo San Lucas la nao Santa Ana, el galeón de Manila, eligiendo el puerto de Salagua como escondrijo para su botín. Casi un siglo después, en 1685, el bucanero y navegante inglés William Dampier —célebre por sus diarios de viaje— recorrió también las costas de la Nueva España acechando al galeón de Filipinas y amenazó la zona colimense con varios desembarcos.
Esta época de incursiones dejó una huella profunda en la memoria de la costa. Para protegerse, los pobladores se replegaban tierra adentro y los puertos quedaban semiabandonados gran parte del año. Hacia 1700, el puerto de Salagua vivía en un abandono casi completo, despertando sólo ocasionalmente con el paso del Galeón de Manila rumbo a Acapulco. Fue en ese período cuando el nombre del puerto empezó a cambiar: de 'Salagua' se pasó a 'Salagua-Manzanillo' y, a principios del siglo XIX, sólo a Manzanillo, denominación que tomó por completo la gran bahía colimense. El nuevo nombre vendría de los árboles de 'manzanilla de playa' (Hippomane mancinella) que abundaban en sus costas.
Con la independencia de México y la consolidación del país en el siglo XIX, Manzanillo dejó de ser un fondeadero olvidado para convertirse en un puerto formal y estratégico del Pacífico. Su posición frente a Colima y el occidente mexicano lo hacía ideal como salida marítima para las mercancías de la región. A lo largo del siglo, se invirtió en muelles, faros y obras portuarias que lo fueron modernizando.
El gran salto llegó con el ferrocarril. La conexión por vía férrea entre Manzanillo y el interior —y finalmente con Guadalajara y el centro del país— transformó al puerto en una pieza clave del comercio nacional. El tren permitió mover grandes volúmenes de carga entre el Pacífico y el corazón de México, impulsando la economía local y el crecimiento de la población. Manzanillo se afianzó como uno de los puertos más importantes de la costa occidental.
A lo largo del siglo XX, el puerto siguió creciendo y modernizándose hasta convertirse en el principal puerto de contenedores del país, el de mayor movimiento de carga del Pacífico mexicano. Esa vocación industrial y comercial convive hoy con el turismo: el visitante que pasea por el malecón ve, al mismo tiempo, las playas doradas y el incesante movimiento de buques portacontenedores, una estampa que resume las dos almas de la ciudad.
A mediados del siglo XX, Manzanillo descubrió otra de sus grandes riquezas: las aguas frente a sus bahías eran extraordinariamente abundantes en pez vela, ese majestuoso pez espada de aleta dorsal en forma de vela que es uno de los trofeos más codiciados de la pesca deportiva. El primer torneo oficial de pesca del pez vela se inauguró el 3 de noviembre de 1954, impulsado por el estadounidense Leroy H. Dorsey, promotor de la pesca deportiva en el país.
Los resultados fueron asombrosos. En 1957, por la enorme cantidad de capturas registradas, Manzanillo obtuvo el título de 'Capital Mundial del Pez Vela', una marca que volvió a confirmarse en torneos posteriores —en 1967 se capturaron 487 ejemplares con 154 participantes—. Desde entonces, el Club de Pesca de Manzanillo organiza año tras año el Torneo Internacional de Pesca Deportiva, hoy uno de los más antiguos y prestigiosos de México, con más de siete décadas de tradición. La escultura monumental del Pez Vela, de 25 metros y 70 toneladas, obra del escultor Sebastián inaugurada en 2002 frente al malecón, eterniza ese título y se ha convertido en el símbolo de la ciudad.
La fama de la pesca atrajo a las primeras grandes inversiones turísticas. En la península de Santiago se levantó el espectacular complejo de Las Hadas, con su arquitectura blanca de inspiración morisca y mediterránea, que ganó proyección mundial al ser escenario de la película '10' (1979), con Bo Derek. A partir de ahí, Manzanillo se consolidó como un destino de playa familiar y accesible del Pacífico, con dos grandes bahías, sol casi todo el año y una identidad propia, lejos del bullicio de otros destinos. Hoy combina su carácter de puerto trabajador con el de balneario tranquilo, fiel a su doble herencia de mar y comercio.