La historia del monasterio empieza con la de un hombre: San Naum de Ohrid, una de las figuras más importantes de la cultura eslava medieval. Naum fue uno de los principales discípulos y colaboradores de los santos Cirilo y Metodio, los hermanos de Tesalónica conocidos como los 'apóstoles de los eslavos', que en el siglo IX crearon un alfabeto (el glagolítico) y tradujeron los textos sagrados a la lengua eslava para poder evangelizar a estos pueblos en su propio idioma.
Tras la muerte de Metodio y la persecución y expulsión de sus discípulos de la Gran Moravia, Naum, junto con San Clemente y otros compañeros, se dirigió al sur, a las tierras del Primer Imperio búlgaro, donde fueron acogidos. En la región de Ohrid encontraron un terreno fértil para continuar su obra. Mientras Clemente desarrollaba en la propia Ohrid, en Plaošnik, una gran escuela y monasterio, Naum se dedicó también a la enseñanza, la traducción y la organización de la vida monástica, formando parte del extraordinario impulso cultural que hizo de Ohrid una cuna de la escritura eslava.
Naum es recordado como erudito, escritor y hombre santo, y su labor —junto a la de Clemente— fue decisiva para que la liturgia y la cultura escrita en lengua eslava arraigaran y se difundieran por los Balcanes y el mundo ortodoxo. Hacia el final de su vida, buscó un lugar apartado y hermoso para fundar su propio monasterio, y lo encontró en el extremo sur del lago de Ohrid, junto a los manantiales, donde hoy sigue en pie el santuario que lleva su nombre.
San Naum fundó su monasterio en el extremo meridional del lago de Ohrid hacia el año 905, con el apoyo del príncipe (y luego zar) Boris-Miguel y de su hijo Simeón, gobernantes del Primer Imperio búlgaro que protegieron y fomentaron la obra de los discípulos de Cirilo y Metodio. El emplazamiento no fue casual: un promontorio rocoso sobre el lago, junto a los manantiales de aguas cristalinas, un lugar de gran belleza y a la vez apartado, propicio para la vida contemplativa y para el estudio.
El monasterio de San Naum fue, como el de Clemente en Ohrid, mucho más que un lugar de oración: funcionó como centro de enseñanza y de copia de manuscritos, contribuyendo a formar clérigos y letrados y a difundir los textos en lengua eslava. Naum dedicó allí sus últimos años y, a su muerte —hacia el año 910—, fue enterrado en el propio monasterio, en la iglesia que él mismo había levantado. Su tumba se convirtió muy pronto en lugar de veneración y peregrinación.
Con el tiempo, Naum fue canonizado y pasó a ser uno de los santos más queridos de la Iglesia ortodoxa en los Balcanes, especialmente venerado como sanador; durante siglos, enfermos y peregrinos han acudido a su tumba en busca de curación y consuelo. A su sepulcro está asociada una de las tradiciones más entrañables del lugar: la creencia de que, acercando el oído a la piedra de la tumba, todavía se puede oír latir el corazón del santo, señal de su presencia viva entre los fieles.
A lo largo de los siglos, el monasterio de San Naum vivió los avatares de la turbulenta historia de la región. Tras la caída del Primer Imperio búlgaro ante Bizancio en 1018, la zona pasó a dominio bizantino, y más tarde conoció el paso del imperio serbio de Esteban Dušan en el siglo XIV. En todos esos cambios, el monasterio mantuvo su función espiritual y su prestigio como santuario ligado a la memoria de San Naum, aunque debió afrontar destrucciones, saqueos y reconstrucciones.
Con la conquista otomana de los Balcanes, hacia finales del siglo XIV, San Naum quedó integrado, como toda la región de Ohrid, en el Imperio otomano, y así permanecería durante casi cinco siglos. A pesar de estar bajo dominio musulmán, el monasterio siguió siendo un importante centro de culto ortodoxo y de peregrinación. La iglesia que hoy vemos, dedicada a los Santos Arcángeles, fue reconstruida en su forma actual durante la época otomana, sobre todo entre los siglos XVI y XVII, sobre los cimientos del templo original de San Naum, en estilo bizantino-medieval, con sus cúpulas y su planta característica.
En su interior, la iglesia conserva frescos, un iconostasio tallado e iconos de distintas épocas, y por supuesto la capilla con la tumba del santo. El conjunto monástico fue creciendo con dependencias, muros y, con el tiempo, los jardines y terrazas asomados al lago que le dan hoy su fisonomía. Durante siglos, San Naum fue también un punto de referencia en una zona fronteriza y de paso, junto a los caminos que bordeaban el lago hacia el sur.
La posición de San Naum, en el extremo sur del lago de Ohrid, lo situó en el siglo XX justo en la línea de una frontera internacional. Tras las guerras balcánicas de 1912-1913 y la primera guerra mundial, el trazado de los límites entre el Reino de los Serbios, Croatas y Eslovenos (luego Yugoslavia) y Albania dejó a San Naum en el lado yugoslavo, muy cerca de la raya fronteriza; de hecho, la atribución del monasterio y su entorno fue objeto de negociaciones diplomáticas en aquellos años, dada su situación estratégica junto al agua y la frontera.
Durante la Yugoslavia socialista de Tito, y con la vecina Albania de Enver Hoxha convertida en uno de los países más aislados del mundo, la frontera junto a San Naum fue una de las más cerradas y vigiladas de Europa durante décadas. El monasterio, sin dejar de ser lugar de culto y peregrinación, se fue abriendo también al turismo, atraído por la belleza excepcional del enclave: el santuario sobre el promontorio, los manantiales cristalinos, los jardines y, con el tiempo, los célebres pavos reales que hoy pasean por el recinto.
Con la independencia de Macedonia en 1991 y la apertura de Albania, San Naum se consolidó como uno de los grandes atractivos turísticos de la región de Ohrid, Patrimonio Mundial de la Unesco. Hoy recibe a la vez a peregrinos que acuden a la tumba del santo y a viajeros que llegan en barco desde Ohrid para admirar el monasterio, pasear en barca por los manantiales y disfrutar del lago. Más de mil cien años después de su fundación por aquel discípulo de Cirilo y Metodio, San Naum sigue siendo lo que Naum quiso que fuera: un lugar de recogimiento y belleza a orillas del lago milenario, donde la espiritualidad, la historia y la naturaleza se funden en uno de los rincones más hermosos de Macedonia del Norte.