El territorio del actual departamento fue habitado por indígenas de probable raíz lenca, en la antigua provincia de Sulaco. Su capital, Tegucigalpa, fue fundada el 29 de septiembre de 1578 como Real de Minas de San Miguel de Tegucigalpa, en torno a las ricas vetas de plata de los cerros que la rodean —su nombre náhuatl aludiría a 'cerros de plata'—. La minería fue la razón misma del asentamiento español, que atrajo a mineros de todo el imperio.
Durante la colonia fue un próspero real de minas que rivalizó con la capital oficial, Comayagua, y cuya riqueza quedó plasmada en los tesoros de sus iglesias, muchos de ellos donados por reyes de España a los ricos mineros. En 1880, el presidente Marco Aurelio Soto trasladó a Tegucigalpa la capital de la República, y desde entonces la ciudad es el centro político y administrativo de Honduras.
Junto con su vecina Comayagüela, al otro lado del río Choluteca, forma el Distrito Central, hoy la mayor urbe del país, con su casco histórico de calles empinadas presidido por la Catedral de San Miguel, el Parque Central y la histórica Villa Roy.
El departamento fue establecido el 28 de junio de 1825, en la primera constitución del Estado de Honduras, como parte de la organización territorial de la joven república. Durante mucho tiempo se llamó simplemente Tegucigalpa, por su ciudad cabecera.
El 11 de enero de 1943, el presidente Tiburcio Carías Andino cambió el nombre del departamento a Francisco Morazán, en conmemoración del centenario de la muerte del gran caudillo de la unión centroamericana, nacido precisamente en Tegucigalpa en 1792. Militar y estadista liberal, Morazán presidió la República Federal de Centroamérica y se convirtió en el máximo símbolo del ideal unionista; fue fusilado en Costa Rica el 15 de septiembre de 1842.
Así, el departamento que alberga la capital lleva el nombre del héroe nacional por excelencia, cuyo ideario de integración regional sigue vivo en la simbología del país.
Las montañas que rodean Tegucigalpa guardan algunos de los pueblos coloniales más encantadores del país. Santa Lucía, encaramada en la ladera, fue un importante real de minas durante la colonia y conserva su iglesia con un Cristo negro que, según la tradición, fue regalado por el rey Felipe II hacia 1594 al mineral de Santa Lucía. Valle de Ángeles, antiguo centro minero, se reinventó en el siglo XX como pueblo artesanal y es hoy un destino turístico famoso por su trabajo en madera, cuero, cerámica y filigrana.
Más al sur, Ojojona es otro pueblo colonial de calles empedradas, casas de adobe con tejados rojos y templos antiguos, cuna de la alfarería y de la tradición minera del centro de Honduras. Cerca están también Cedros, Sabanagrande y Cantarranas (San Juan de Flores), con su patrimonio colonial.
Estos pueblos 'con encanto', a corta distancia de la capital, forman un circuito de escapadas de fin de semana muy apreciado por hondureños y visitantes, donde la herencia minera y colonial se conserva casi intacta.
Sobre las montañas al noreste de Tegucigalpa se extiende el Parque Nacional La Tigra, declarado en 1980 el primer parque nacional de Honduras. Su bosque nublado, que en el pasado abasteció de agua a la capital, albergó los campamentos de la Rosario Mining Company en El Rosario y San Juancito —un floreciente enclave minero de plata a comienzos del siglo XX, con luz eléctrica y hasta hielo mucho antes que la propia capital—.
Hoy La Tigra es un refugio de biodiversidad, con quetzales, orquídeas y senderos, y un pulmón verde a las puertas de la ciudad, uno de los destinos favoritos para el senderismo de los capitalinos. Sus ruinas industriales de la vieja mina recuerdan la era en que la plata movía la economía de la región.
El departamento de Francisco Morazán combina así el bullicio de la capital con montañas, bosques y pueblos históricos, en un paisaje de tierras altas que fue durante siglos el corazón minero del país.
Como sede de la capital, Francisco Morazán es el corazón político, universitario y cultural de Honduras. En Tegucigalpa se concentran la Presidencia, el Congreso Nacional, la Corte Suprema, los ministerios y las embajadas, así como la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH), la principal casa de estudios del país.
La capital ha sido escenario de los grandes acontecimientos de la historia contemporánea hondureña: golpes de Estado, transiciones democráticas, protestas y celebraciones. Su patrimonio incluye el Teatro Nacional Manuel Bonilla, la Basílica de Suyapa —donde se venera a la Virgen de Suyapa, patrona de Honduras—, y museos como el de la Identidad Nacional.
De la vieja ciudad de la plata a la metrópoli de más de un millón de habitantes, Francisco Morazán reúne la Honduras del poder y la de las montañas, entre el asfalto de la capital y los bosques nublados que la rodean.