Comayagua fue fundada el 8 de diciembre de 1537 por el capitán Alonso de Cáceres, por orden del adelantado Francisco de Montejo, con el nombre de Santa María de la Nueva Valladolid de Comayagua, en un valle equidistante entre los dos océanos. Gracias a su posición central y a la cercanía de las minas de plata y oro, se convirtió en la capital de la provincia de Honduras durante casi todo el período colonial y en sede del obispado desde 1561.
Durante más de tres siglos, Comayagua fue el centro político, religioso y cultural del país, con su Casa Real (Caxa Real), su palacio episcopal, su seminario y sus templos. Tras la independencia de 1821, mantuvo su rango de capital de la naciente Honduras durante buena parte del siglo XIX, disputándoselo en más de una ocasión a la pujante Tegucigalpa.
En 1880, sin embargo, el presidente Marco Aurelio Soto trasladó definitivamente la capital de la República a Tegucigalpa, más cercana a las minas y de mayor dinamismo económico. Aquel traslado congeló a Comayagua en el tiempo y, paradójicamente, preservó su patrimonio colonial casi intacto hasta hoy.
La joya del casco histórico es la Catedral de la Inmaculada Concepción, uno de los templos más antiguos de América. Su construcción comenzó en 1563 y su fase final se completó el 8 de diciembre de 1711, con una elegante fachada barroca y retablos dorados en su interior. En su torre alberga un antiguo reloj mecánico de origen morisco, hecho de hierro forjado, traído de España; la tradición cuenta que llegó como parte del botín de la toma de Granada en 1492 y que originalmente estuvo en la Alhambra, lo que lo convertiría en uno de los relojes en funcionamiento más antiguos del mundo, aunque algunos historiadores discuten esa datación.
Comayagua conserva además un notable conjunto de iglesias coloniales: La Merced (la más antigua, del siglo XVI), San Francisco, La Caridad y San Sebastián, junto a numerosas casonas de tejados rojos en torno a su plaza central. Ese conjunto la convierte en la ciudad colonial mejor conservada de Honduras y en uno de los cascos históricos más completos de Centroamérica.
Su Museo Colonial de Arte Religioso y su Museo de Antropología e Historia completan un centro urbano que parece detenido en el siglo XVIII.
La Semana Santa de Comayagua es una de las más espectaculares del país y una de las más famosas de Centroamérica. Desde 1963, por iniciativa de doña Miriam Mejía de Zapata —quien conoció la tradición en Guatemala—, las calles del centro histórico se cubren de coloridas alfombras de aserrín teñido con motivos religiosos y florales, elaboradas durante toda la noche por familias y cofradías, sobre las que pasan las solemnes procesiones del Viernes Santo.
La iglesia de San Francisco, que según la tradición se abre solo un día al año, el Jueves Santo, es punto de partida del Vía Crucis, y la ciudad entera se convierte en un gran escenario de fe y arte efímero que atrae a miles de visitantes nacionales y extranjeros. La procesión del Santo Entierro recorre las calles alfombradas en una de las estampas religiosas más impresionantes de Honduras.
Esta tradición, transmitida de generación en generación, ha convertido a la Semana Santa comayagüense en un poderoso atractivo de turismo religioso y cultural, y en una de las señas de identidad de la vieja capital colonial.
El departamento de Comayagua ocupa el centro geográfico de Honduras, en un amplio valle rodeado de montañas y regado por el río Humuya, que alimenta el embalse de la represa hidroeléctrica de El Cajón (Francisco Morazán), una de las mayores obras de ingeniería del país. Su tierra fértil lo convirtió en una importante zona agrícola y ganadera, célebre por sus hortalizas —Comayagua es uno de los grandes proveedores de verduras del país—, sus granos básicos y su café de altura.
En las montañas del departamento sobreviven bosques nublados protegidos, como el Parque Nacional Montaña de Comayagua, con cascadas, orquídeas y una rica biodiversidad, y comunidades lencas que conservan sus tradiciones, artesanías y organización comunal en municipios de las tierras altas.
Su ubicación estratégica, en el eje que une Tegucigalpa con la costa norte y con el occidente, ha hecho de Comayagua un cruce vital de comunicaciones a lo largo de toda la historia del país.
Cerca de la ciudad se encuentra la antigua base militar conjunta de Palmerola (Soto Cano), que durante los años ochenta fue el principal enclave estadounidense en Honduras y centro de operaciones en plena Guerra Fría centroamericana. Sobre ese emplazamiento se construyó el Aeropuerto Internacional de Palmerola, inaugurado en 2021, llamado a sustituir al antiguo y peligroso aeropuerto de Toncontín, en Tegucigalpa, como principal puerta de entrada aérea del país.
Con una moderna terminal y pistas capaces de recibir grandes aviones, Palmerola aspira a convertir a Comayagua en un nodo logístico y turístico de primer orden, aprovechando su posición central y su cercanía tanto a la capital como al Lago de Yojoa y a las ciudades coloniales del occidente.
Así, la vieja capital colonial que quedó al margen del progreso en 1880 vuelve a mirar al futuro, combinando su patrimonio histórico único con la infraestructura del siglo XXI.