La historia de Flores es, en realidad, la historia de Nojpetén, la ciudad maya que ocupaba la isla antes de la llegada de los españoles y sobre cuyas ruinas se levanta la población actual. Nojpetén (también escrita Noh Petén, y llamada Tayasal por los españoles) fue la capital de los mayas itzaes, un pueblo maya que dominaba la región del lago Petén Itzá en la selva del norte de Guatemala.
Según la tradición, recogida en crónicas y fuentes coloniales, los itzaes provenían originalmente de la región de Yucatán, más concretamente de Chichén Itzá (cuyo nombre, 'la boca del pozo de los itzaes', alude precisamente a este pueblo). Tras la caída o el declive de Chichén Itzá, los itzaes habrían migrado hacia el sur, internándose en la selva del Petén, hasta establecerse en torno al lago, donde fundaron Nojpetén en la isla que hoy es Flores. El nombre del lago, Petén Itzá, conserva la huella de este pueblo.
La ubicación de Nojpetén, en una isla en medio de un lago rodeado de selva profunda y de difícil acceso, resultó providencial: la convirtió en un refugio natural, protegido y aislado. Mientras en otras partes del mundo maya las grandes ciudades habían colapsado siglos atrás, los itzaes mantuvieron en su isla un reino maya vivo, con sus templos, sus ídolos, su organización social y su religión. Esa posición aislada sería la clave de su extraordinaria resistencia frente a la conquista española, que les permitió permanecer independientes mucho más tiempo que cualquier otro pueblo maya.
El primer contacto documentado entre los itzaes de Nojpetén y los españoles se atribuye, según la tradición, nada menos que a Hernán Cortés. En 1525, durante su larga y penosa expedición desde México hacia Honduras (a través de la selva), Cortés habría pasado por la región del lago Petén Itzá y visitado Nojpetén, siendo recibido por el gobernante itzá de entonces (el Canek, título de los reyes itzaes). La leyenda cuenta que Cortés dejó allí un caballo enfermo o herido, que los itzaes, asombrados ante el animal que nunca habían visto, habrían tratado de cuidar e incluso, tras su muerte, venerado en forma de un ídolo de piedra al que llamaron Tziminchak ('caballo de trueno').
Tras aquel episodio, Nojpetén quedó nuevamente aislada del avance español durante mucho tiempo. Mientras los conquistadores sometían el resto de Guatemala en el siglo XVI, la región del Petén, remota y cubierta de selva, quedó al margen, y los itzaes conservaron su independencia. Hubo contactos posteriores, sobre todo con misioneros franciscanos que, a lo largo del siglo XVII, intentaron acercarse a los itzaes para evangelizarlos pacíficamente, con resultados limitados y, a veces, trágicos.
La pervivencia de un reino maya independiente en pleno corazón del territorio dominado por España resultaba, con el tiempo, cada vez más intolerable para las autoridades coloniales, tanto por razones religiosas (la 'idolatría' de los itzaes) como estratégicas (controlar la ruta entre Yucatán y Guatemala). El cerco sobre Nojpetén se fue estrechando, hasta que la Corona decidió poner fin, por la fuerza, al último reducto maya independiente.
Durante el siglo XVII, la presión sobre el último reino maya independiente se intensificó. Las autoridades españolas, tanto desde Yucatán como desde Guatemala, querían someter a los itzaes, evangelizarlos y abrir una ruta segura a través del Petén. Tras varios intentos fallidos de conversión pacífica y algunas expediciones, la Corona autorizó finalmente una campaña militar.
La conquista definitiva llegó el 13 de marzo de 1697. Las fuerzas españolas comandadas por Martín de Ursúa y Arizmendi, que había hecho construir un camino desde Yucatán hasta el lago y preparado embarcaciones para el asalto, atacaron Nojpetén por agua. A bordo de una galeota artillada, los españoles desembarcaron en la isla y, tras un combate, tomaron la ciudad. El gobernante itzá, el Canek, fue capturado. Con la caída de Nojpetén, cayó el último Estado maya independiente: terminaban así casi dos siglos de resistencia y, con ellos, la larga historia de la independencia política del mundo maya, que se había iniciado milenios antes.
La caída de Nojpetén tiene un enorme valor simbólico: representa el punto final de la conquista del mundo maya, ocurrido casi 180 años después de la llegada de Cortés a México. Sobre la isla conquistada, los españoles destruyeron los templos y los ídolos itzaes y establecieron una población colonial cristiana, sentando las bases de lo que con el tiempo sería Flores. Pero la memoria de Nojpetén, de los itzaes y de su resistencia legendaria pervive, y hace de la pequeña y encantadora isla de Flores un lugar de profundo significado histórico.
Tras la conquista de Nojpetén, sobre la isla se estableció una población colonial que, con el tiempo, adoptó el nombre de Flores (en honor a un personaje del siglo XIX). Pero durante los siglos coloniales y buena parte de la época republicana, el Petén siguió siendo lo que siempre había sido: una región remota, aislada, escasamente poblada y cubierta por una de las mayores selvas de Mesoamérica. Lejos de los centros de poder, mal comunicada y de difícil acceso, la región quedó en gran medida al margen del desarrollo del resto del país.
La vida en el Petén giró durante mucho tiempo en torno a la explotación de los recursos de la selva. Se extraían maderas preciosas y, sobre todo, durante buena parte del siglo XX, el chicle: la savia del árbol del chicozapote, materia prima de la goma de mascar, que se recolectaba en la selva (los recolectores eran los célebres 'chicleros') y se exportaba. La economía chiclera marcó la historia social del Petén durante décadas, con sus campamentos en la jungla y sus rutas de extracción.
Flores, como capital del Petén, era un pequeño centro administrativo y comercial en medio de esa inmensidad selvática. El aislamiento de la región se mantuvo hasta bien entrado el siglo XX: durante mucho tiempo, la forma más práctica de llegar a Flores era por avión o por penosos caminos a través de la selva. Recién en las décadas finales del siglo XX, con la mejora de las carreteras, el desarrollo del turismo y la creciente colonización agrícola, el Petén empezó a integrarse más al resto de Guatemala, no sin generar fuertes tensiones ambientales sobre su extraordinaria selva.
La gran transformación de Flores y del Petén en las últimas décadas vino de la mano del redescubrimiento del mundo maya y del desarrollo del turismo. A medida que la exploración arqueológica de Tikal (a partir de mediados del siglo XX) reveló al mundo la magnitud de la antigua ciudad, y se creó el Parque Nacional Tikal (1955), la selva del Petén empezó a atraer a viajeros, estudiosos y aventureros interesados en la civilización maya.
La declaración de Tikal como Patrimonio Mundial de la Unesco en 1979, sumada a la mejora de las comunicaciones (la carretera y, sobre todo, los vuelos regulares al aeropuerto de Santa Elena), convirtieron progresivamente a Flores en la base turística por excelencia del mundo maya guatemalteco. La pequeña isla, con su encanto pintoresco, su lago y su ubicación estratégica, era el lugar ideal para alojar a los visitantes que venían a maravillarse con Tikal y los demás sitios.
Hoy, el turismo es uno de los pilares de la economía de Flores y su región. La isla vive en buena medida de los viajeros que la usan como campamento base para Tikal, Yaxhá, El Mirador y los demás tesoros arqueológicos, y que disfrutan de su ambiente relajado, sus atardeceres sobre el lago y su gastronomía. Pero el Petén afronta también grandes desafíos: la deforestación, el avance de la frontera agrícola y ganadera, los incendios y el saqueo de sitios arqueológicos amenazan la Reserva de la Biosfera Maya, uno de los mayores remanentes de selva tropical de Mesoamérica. La historia de Flores —de capital del último reino maya a base del turismo maya— encierra, así, una paradoja y una responsabilidad: preservar la selva y el patrimonio que la hicieron famosa.