Mucho antes de que la llamaran 'la Venecia de los Alpes', Annecy ya latía a orillas de su lago. Los primeros pobladores se instalaron aquí en la prehistoria, en aldeas lacustres sobre pilotes construidas junto al agua. Pero la ciudad como tal hunde sus raíces en la época romana: en el siglo I, en la llanura junto al lago (el actual barrio de Les Fins), floreció un próspero vicus galorromano llamado Boutae, con su foro, su templo y su teatro, en un cruce de caminos de los Alpes.
Con la caída del Imperio romano y las inseguridades de la Alta Edad Media, la población fue abandonando la llanura abierta y buscando refugio en lugares más protegidos. Así, entre los siglos XI y XII, el poblamiento se desplazó hacia el pie de la colina donde hoy se alza el castillo, junto a la desembocadura del río Thiou, más fácil de defender. Nacía el Annecy medieval, apiñado en torno a su fortaleza y cruzado por los canales del Thiou, que aprovechaban la fuerza del agua para mover molinos y talleres.
En aquella época, Annecy entró en la órbita de una poderosa familia: los condes de Ginebra (Genevois). Cuando la vecina ciudad de Ginebra quedó bajo el control de su obispo, los condes trasladaron poco a poco su poder hacia Annecy, que fue ganando importancia como sede de su corte. La ciudad crecía, se dotaba de murallas, iglesias y del imponente château, y se preparaba, sin saberlo, para un destino ligado a la gran potencia alpina de la región: la Casa de Saboya.
La antigua dinastía de los condes de Ginebra se extinguió a finales del siglo XIV, con la muerte de su último representante en 1394. Tras unos años de incertidumbre, el condado fue vendido en 1401 a Amadeo VIII de Saboya, el señor más poderoso de los Alpes occidentales, cuyos dominios se extendían a ambos lados de las montañas, entre lo que hoy son Francia, Italia y Suiza. Annecy pasaba así a manos de la Casa de Saboya, a la que quedaría ligada durante siglos.
Bajo los Saboya, Annecy alcanzó un notable esplendor. La ciudad se convirtió en capital de un apanage (un señorío concedido a una rama de la familia ducal), el condado de Genevois-Nemours, y en ella se instalaron los principales órganos de gobierno de la región, además de la corte de los príncipes. Se levantaron y ampliaron edificios, se reforzó el castillo y la ciudad se consolidó como un centro político, administrativo y comercial de los Alpes saboyanos.
El casco antiguo que hoy admiramos —con sus calles porticadas, sus canales, sus casas de colores y el Palais de l'Isle sobre el Thiou— tomó forma en gran medida en estos siglos. El Palais de l'Isle, ese edificio con forma de proa en medio del canal, sirvió sucesivamente de residencia, casa de la moneda, tribunal y prisión, testigo de todas las épocas de la ciudad. Annecy era una capital pequeña pero orgullosa, y estaba a punto de vivir el episodio que la haría célebre en toda la cristiandad.
En el siglo XVI, la Reforma protestante sacudió Europa, y muy cerca de Annecy la vecina Ginebra se convirtió en el gran bastión del calvinismo, la 'Roma protestante' de Juan Calvino. El obispo católico de Ginebra, expulsado de su sede, tuvo que buscar refugio en territorio saboyano, y lo encontró en Annecy. Así, la ciudad se transformó en la sede del obispado de Ginebra en el exilio y en un baluarte de la Contrarreforma católica, en primera línea frente a la Ginebra protestante.
En ese contexto surgió la figura que marcaría para siempre la identidad de Annecy: Francisco de Sales. Nacido en 1567 en un castillo cercano, este sacerdote de gran inteligencia y dulzura se dedicó a reconquistar para el catolicismo la región del Chablais, evangelizando con la palabra y el ejemplo más que con la fuerza. En 1602 fue nombrado obispo de Ginebra, con residencia en Annecy, cargo que ocupó hasta su muerte en 1622. Sus escritos espirituales, como la 'Introducción a la vida devota', tuvieron una influencia enorme, y junto a Juana Francisca de Chantal fundó la orden de la Visitación.
San Francisco de Sales fue canonizado y, más tarde, declarado Doctor de la Iglesia y patrono de los periodistas y escritores. Su presencia hizo de Annecy un importante centro religioso, hasta el punto de que se la conoció como la 'Roma de los Alpes'. Hoy sus restos, y los de Santa Juana de Chantal, descansan en la Basílica de la Visitación, sobre una colina de la ciudad, meta de peregrinos y uno de los grandes símbolos de Annecy.
Durante siglos, Annecy y toda Saboya vivieron al margen de Francia, como parte de los Estados de Saboya y luego del reino de Cerdeña. La ciudad conoció un breve periodo francés durante la Revolución y el Imperio napoleónico (de 1792 a 1815), cuando fue capital de un departamento del Mont-Blanc, pero con la caída de Napoleón volvió a manos de la Casa de Saboya.
El cambio definitivo llegó en 1860. En el marco de la unificación italiana, el reino de Cerdeña (gobernado por la Casa de Saboya) cedió a Francia las regiones de Saboya y Niza como contrapartida por el apoyo francés a su causa. La anexión se refrendó mediante un plebiscito, y el 24 de marzo de 1860 Saboya —y con ella Annecy— pasó a formar parte de Francia de manera definitiva. Annecy se convirtió en capital del nuevo departamento de la Alta Saboya (Haute-Savoie), función administrativa que conserva hasta hoy.
El siglo XIX fue también el de la industrialización. Aprovechando la fuerza motriz del agua del Thiou y del lago, en Annecy prosperaron fábricas textiles —sobre todo de algodón y seda—, además de otras industrias, y la ciudad creció más allá de sus murallas medievales. Se construyeron el ferrocarril, nuevos barrios y paseos, y el lago empezó a atraer a los primeros turistas y veraneantes, seducidos por su belleza. Annecy dejaba de ser solo una vieja capital saboyana para convertirse, poco a poco, en un destino. Pero ese éxito traería, en el siglo siguiente, una amenaza inesperada para su mayor tesoro: el lago.
A mediados del siglo XX, el mayor tesoro de Annecy estaba en peligro. El crecimiento de la ciudad y de los pueblos de la orilla, sin un sistema de depuración adecuado, hizo que las aguas residuales fueran a parar directamente al lago. A finales de los años 60, el lago de Annecy estaba gravemente contaminado y eutrofizado: durante buena parte del año el nivel de oxígeno disuelto en el fondo caía casi a cero, las algas proliferaban y casi todas las especies de peces habían desaparecido. El símbolo de la ciudad se moría.
La reacción fue ejemplar y pionera en el mundo. Ya en 1957, impulsados por voces de alerta como la del médico y concejal Paul Servettaz, ocho municipios ribereños se unieron en un sindicato intercomunal para salvar el lago. A partir de los años 60 y 70 se acometió una obra colosal: la construcción de un colector 'cinturón' de decenas de kilómetros que rodea todo el lago y recoge las aguas residuales de las poblaciones de la orilla para llevarlas a una depuradora situada aguas abajo, fuera del lago. Por primera vez, ni una gota de agua sucia volvería a verterse en él.
El resultado fue espectacular. En pocos años, el lago recuperó su transparencia y su vida, y hoy el lago de Annecy es considerado uno de los más limpios de Europa, con aguas en las que uno se puede bañar en pleno centro de una ciudad. Aquella gesta ambiental es motivo de orgullo y un modelo estudiado en todo el mundo. La Annecy actual, capital de la Alta Saboya y ciudad de más de 130.000 habitantes tras la fusión de 2017 con varios municipios vecinos, vive de cara a su lago y a sus montañas: turismo, calidad de vida, deportes al aire libre y un famoso Festival Internacional de Cine de Animación. De la Boutae romana a la 'Venecia de los Alpes' que salvó su lago, Annecy es hoy una de las ciudades más queridas de Francia.