Los orígenes de Bardejov se remontan a un asentamiento surgido en torno a un monasterio en un punto estratégico del noreste del reino de Hungría, cerca de la frontera con Polonia y en la ruta comercial que unía ambos territorios. La primera mención escrita de la zona aparece en documentos del siglo XIII, ligados a la presencia de monjes —según la tradición, cistercienses— y a un pequeño núcleo de población.
Como tantas ciudades del norte del reino, el gran salto de Bardejov llegó con la colonización de habla alemana. Tras la invasión mongola de 1241, que devastó Hungría, los reyes húngaros atrajeron colonos germánicos (los llamados 'sajones') con privilegios para repoblar y desarrollar las tierras fronterizas. Estos colonos aportaron técnicas artesanales, organización urbana y dinamismo comercial, y transformaron el asentamiento en una villa próspera.
El trazado de la ciudad, con su gran plaza rectangular en el centro y las calles que la enmarcan, es característico de estas fundaciones medievales planificadas. En torno a la plaza se instalaron los comerciantes y artesanos, y la comunidad empezó a acumular la riqueza que, en los siglos siguientes, haría de Bardejov una de las ciudades más importantes del noreste del reino de Hungría.
El ascenso de Bardejov quedó consagrado en 1376, cuando el rey Luis I de Hungría le concedió el rango de ciudad real libre. Este estatus, reservado a las villas más importantes, colocaba a Bardejov directamente bajo la autoridad del rey y le otorgaba amplios privilegios: gobierno propio, jurisdicción, derecho a amurallarse, a celebrar mercados y ferias, y a controlar el comercio en su territorio. Fue el reconocimiento de una prosperidad ya consolidada.
Esa prosperidad se basaba en el comercio y en la artesanía. Bardejov estaba en la ruta mercantil hacia Polonia, y por ella circulaban vino, paños, metales y otras mercancías. Pero la ciudad destacó especialmente en la producción textil, sobre todo la del lino y los paños, que exportaba a Polonia y otras regiones. Los gremios de artesanos —tejedores, tintoreros, orfebres, cerveceros— alcanzaron gran poder y organización, y regularon la vida económica de la ciudad.
Con la riqueza acumulada, los siglos XV y XVI fueron la época de oro de Bardejov. Se construyó y embelleció la gran plaza con las casas góticas de los comerciantes; se amplió la iglesia de San Egidio hasta convertirla en una imponente basílica gótica, dotada de un excepcional conjunto de altares tallados; y se completó el sistema de murallas, con lienzos, bastiones y puertas, uno de los mejor conservados de Eslovaquia. La ciudad se convirtió, además, en un centro cultural notable, con una escuela humanista de renombre.
Como muchas ciudades de habla alemana del reino de Hungría, Bardejov abrazó tempranamente la Reforma protestante en el siglo XVI, y el luteranismo se convirtió en la confesión predominante entre sus habitantes. La ciudad se sumó así a la corriente que transformaba la vida religiosa y cultural de Europa central, y desarrolló una intensa actividad intelectual.
Bardejov tuvo una célebre escuela latina de orientación humanista, ligada a figuras como Leonard Stöckel, un destacado pedagogo y reformador educativo del siglo XVI, discípulo de Melanchthon, que dirigió la escuela de la ciudad y la convirtió en una de las más prestigiosas del reino. La educación humanista, el estudio de las lenguas clásicas y las ideas de la Reforma florecieron en este ambiente urbano próspero y culto.
La ciudad mantuvo su vitalidad comercial y cultural durante buena parte del siglo, en equilibrio entre su autonomía de ciudad real libre, sus vínculos comerciales con Polonia y su pertenencia al reino de Hungría, cada vez más presionado por el avance otomano en el sur. La riqueza de este período quedó plasmada en el patrimonio artístico y arquitectónico que hoy admiramos: la basílica y sus altares, las casas de la plaza y el ayuntamiento renacentista, construido entre 1505 y 1511 como uno de los primeros edificios renacentistas de Eslovaquia.
A partir del siglo XVII, la fortuna de Bardejov empezó a declinar. La ciudad, como toda la región, se vio afectada por las guerras de la época: los conflictos entre los Habsburgo y el Principado de Transilvania, las revueltas antihabsbúrgicas de la nobleza húngara (como las lideradas por Bocskai, Thököly o Rákóczi) y las tensiones religiosas de la Contrarreforma, que buscaba revertir el protestantismo. Bardejov cambió de manos, sufrió ocupaciones y contribuciones de guerra, y perdió parte de su autonomía y su vitalidad.
A los estragos de la guerra se sumaron los incendios y las epidemias, azotes recurrentes de las ciudades de la época, que destruyeron edificios y diezmaron a la población en distintos momentos. Además, el gran comercio internacional fue desplazándose hacia otras rutas y otros centros, y la producción textil de Bardejov perdió los mercados que la habían enriquecido. La ciudad entró en un largo período de estancamiento económico.
En el siglo XIX, la llegada del ferrocarril, que privilegió a otras localidades, y la marginación de Bardejov respecto de las grandes vías de comunicación acentuaron su decadencia. Sin embargo, esa misma pérdida de dinamismo tuvo una consecuencia afortunada: sin recursos ni presión para 'modernizar', demoler o transformar, la ciudad conservó casi intacto su casco histórico medieval y renacentista. La plaza, las casas, la basílica, el ayuntamiento y las murallas quedaron detenidos en el tiempo. En este período cobró fama, en cambio, el vecino balneario de Bardejovské Kúpele, frecuentado por la aristocracia del Imperio austrohúngaro.
Tras la caída del Imperio austrohúngaro al final de la Primera Guerra Mundial, en 1918, Bardejov quedó integrada en la nueva Checoslovaquia. El siglo XX trajo también episodios sombríos: la ciudad tenía una importante comunidad judía, con una notable sinagoga y varios edificios rituales; durante la Segunda Guerra Mundial y el régimen del Estado eslovaco aliado de la Alemania nazi, esa comunidad fue deportada y en gran parte exterminada en el Holocausto. El barrio judío (suburbium) de Bardejov, con su conjunto de edificios religiosos, es hoy un testimonio conmovador de esa presencia y de su trágico final, y ha sido objeto de proyectos de recuperación y memoria.
Durante el período comunista (1948-1989), Bardejov vivió décadas de relativo estancamiento, pero se emprendieron los primeros trabajos de conservación de su excepcional patrimonio, que había llegado casi intacto hasta el siglo XX. La restauración cuidadosa del casco histórico continuó tras la caída del comunismo y la creación de la Eslovaquia independiente en 1993.
El reconocimiento internacional llegó en el año 2000, cuando la Unesco inscribió en la lista del Patrimonio Mundial la 'Reserva de conservación urbana de Bardejov', valorándola como un ejemplo excepcionalmente completo y bien conservado de una pequeña ciudad comercial medieval fortificada de Europa central. Hoy, Bardejov es uno de los destinos patrimoniales más auténticos y menos masificados de Eslovaquia: una ciudad viva de unos 32.000 habitantes que conserva su plaza, su basílica, su ayuntamiento y sus murallas casi como en su época de esplendor, y que ofrece, junto al vecino balneario y sus iglesias de madera de los Cárpatos, una inmersión única en la cultura del noreste eslovaco.