Mucho antes de que existiera ciudad española alguna, el valle donde hoy se asienta San Salvador formaba parte del territorio de Cuscatlán, el principal señorío de los pipiles, un pueblo de lengua náhuat emparentado con los nahuas del centro de México. Los pipiles habían migrado hacia esta región de Centroamérica siglos antes de la llegada de los europeos y desarrollaron una sociedad agrícola y guerrera, con centros de población, cultivos de maíz, cacao y algodón, y una organización política propia. El nombre Cuscatlán, de raíz náhuat, suele traducirse como 'tierra de joyas' o 'lugar de cosas preciosas', y sigue siendo hoy un nombre poético para referirse a El Salvador.
La región estaba marcada por su geografía volcánica: el valle, fértil y bien regado, se extendía al pie del gran volcán que los españoles llamarían de San Salvador. Esa misma fertilidad volcánica que hacía próspera la agricultura traía aparejada la amenaza de los terremotos y las erupciones, una constante que acompañaría a la ciudad a lo largo de toda su historia.
Cuando llegaron los conquistadores españoles, en la tercera década del siglo XVI, se encontraron con la resistencia de los pipiles de Cuscatlán. La conquista de esta región fue más difícil y prolongada de lo que los españoles esperaban, y la memoria de esa resistencia indígena —encarnada en figuras como el legendario cacique Atlacatl, cuya existencia histórica es discutida— quedó incorporada al imaginario nacional salvadoreño.
La fundación de la villa de San Salvador por los españoles está ligada a la conquista de la región de Cuscatlán, en el marco de las expediciones que partían de Guatemala bajo el mando de Pedro de Alvarado y sus capitanes. La tradición sitúa una primera fundación hacia 1525, en un lugar distinto del actual, y un proceso de traslados hasta que la ciudad encontró su emplazamiento definitivo en el Valle de las Hamacas, al pie del volcán de San Salvador, donde permanece.
El nombre de la ciudad —San Salvador, en honor al Salvador del Mundo, advocación de Jesucristo— se extendería luego a todo el país: cuando El Salvador se constituyó como nación independiente, tomó precisamente ese nombre, único en el mundo en estar dedicado al Salvador. Las fiestas en honor al Divino Salvador del Mundo, cada agosto, siguen siendo las celebraciones patronales más importantes de la capital.
Durante la época colonial, San Salvador fue una villa y más tarde ciudad dentro de la Capitanía General de Guatemala, que agrupaba a las provincias centroamericanas bajo la corona española. Su economía giró en torno a la agricultura, y muy especialmente al añil o índigo, un tinte azul extraído de una planta que se convirtió en el gran producto de exportación de la región y en la base de la riqueza de las élites locales. Las haciendas añileras marcaron el paisaje y la sociedad de la época.
San Salvador ocupa un lugar central en la historia de la independencia centroamericana. El 5 de noviembre de 1811 estalló en la ciudad el llamado 'primer grito de independencia' de Centroamérica, un levantamiento contra las autoridades coloniales españolas encabezado por el presbítero José Matías Delgado y su sobrino Manuel José Arce, junto a otros patriotas criollos. Aunque aquel primer movimiento fue sofocado, marcó el inicio del proceso emancipador del istmo y convirtió a San Salvador en cuna del independentismo regional.
José Matías Delgado, sacerdote y figura clave de aquel movimiento, es considerado el 'padre de la patria' salvadoreña; sus restos reposan hoy en la Iglesia El Rosario, en el Centro Histórico de la ciudad. Manuel José Arce, por su parte, llegaría a ser el primer presidente de la República Federal de Centroamérica.
La independencia definitiva de España llegó en 1821, para todas las provincias de la Capitanía General de Guatemala. Tras un breve y conflictivo período de anexión al Imperio mexicano de Agustín de Iturbide —al que San Salvador se opuso con firmeza—, las provincias centroamericanas se constituyeron en una república federal. San Salvador, por su peso y su tradición patriótica, llegó incluso a ser sede de los poderes federales durante parte de la existencia de la Federación.
Tras la disolución de la República Federal de Centroamérica, a mediados del siglo XIX, El Salvador se constituyó como Estado independiente y San Salvador quedó consagrada como su capital, condición que conserva hasta hoy. La ciudad fue creciendo como centro político, administrativo y comercial del nuevo país, cuya economía siguió girando primero en torno al añil y, más tarde, al café, que se convertiría en el gran motor económico salvadoreño a partir de fines del siglo XIX.
Pero la historia de San Salvador está marcada de manera dramática por su geografía: la ciudad se asienta sobre una zona de gran actividad sísmica y volcánica, y a lo largo de su existencia ha sido golpeada una y otra vez por terremotos devastadores. Sismos como los de 1854 y 1873 llegaron a destruirla casi por completo, al punto de que se llegó a plantear trasladar la capital. Otros terremotos importantes ocurrieron en 1917, 1965, 1986 y 2001. Esta recurrencia explica por qué San Salvador conserva relativamente pocos edificios coloniales: buena parte de su patrimonio histórico fue derribado y reconstruido varias veces.
La reconstrucción constante moldeó la fisonomía de la ciudad, que combina edificios de distintas épocas, y forjó en sus habitantes una notable capacidad de resiliencia. Muchos de los monumentos que hoy se visitan —como el Teatro Nacional o la propia Catedral— son fruto de reconstrucciones tras estos desastres.
El siglo XX trajo a San Salvador una rápida modernización y un crecimiento urbano acelerado, que dio origen al Gran San Salvador, el área metropolitana que hoy concentra a buena parte de la población del país. Pero también fue un siglo de fuertes tensiones sociales y políticas, marcadas por la desigualdad, los regímenes militares y la concentración de la tierra, que desembocaron en una de las etapas más trágicas de la historia salvadoreña.
Entre 1980 y 1992, El Salvador vivió una guerra civil que enfrentó al Estado y sus fuerzas armadas con la guerrilla del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN). El conflicto dejó decenas de miles de muertos y desaparecidos, masacres de civiles y un profundo trauma social, y San Salvador fue escenario de muchos de sus episodios. El Monumento a la Memoria y la Verdad, en el Parque Cuscatlán, recuerda hoy con sus nombres a las víctimas civiles de aquellos años.
Una figura ineludible de esa época es monseñor Óscar Arnulfo Romero, arzobispo de San Salvador, que se convirtió en una voz de denuncia de la represión y de defensa de los pobres. Fue asesinado el 24 de marzo de 1980 mientras oficiaba misa, un crimen que conmocionó al mundo y se considera uno de los detonantes simbólicos de la guerra. Canonizado como santo por la Iglesia católica en 2018, sus restos reposan en la cripta de la Catedral Metropolitana, lugar de peregrinación. La guerra terminó con los Acuerdos de Paz de Chapultepec en 1992. En las décadas siguientes, el país y su capital enfrentaron nuevos desafíos —entre ellos la violencia de las pandillas— y, más recientemente, han vivido cambios en materia de seguridad y un renovado impulso al turismo.