La costa de Manabí donde hoy se encuentra Puerto Cayo estuvo habitada, mucho antes de la llegada de los españoles, por pueblos costeros de larga tradición marinera. La región forma parte del área de desarrollo de culturas como la Manteña (aproximadamente entre los siglos VIII y XVI d.C.), célebre por sus extraordinarios navegantes y comerciantes que recorrían el Pacífico en grandes balsas de vela y mantenían una intensa red de intercambios a lo largo del litoral.
El producto estrella de ese comercio era la concha Spondylus, un molusco bivalvo de concha espinosa y colorida que tenía un enorme valor ritual y económico en todo el mundo andino y más allá. La Spondylus se asociaba a la fertilidad, el agua y lo sagrado, y era objeto de un comercio que llegaba hasta los Andes centrales y, según las crónicas, mucho más lejos. De ese molusco toma su nombre la actual Ruta del Spondylus, la carretera costera que pasa por Puerto Cayo.
Toda esta zona, en el entorno del actual Parque Nacional Machalilla y del antiguo señorío de Salango, es de gran riqueza arqueológica, con vestigios de las culturas que poblaron la costa central durante miles de años. Puerto Cayo se inscribe en ese territorio de profunda raíz prehispánica, ligada al mar y a sus recursos.
Puerto Cayo se desarrolló, a lo largo de la época colonial y republicana, como una pequeña caleta y pueblo de pescadores en la costa de Manabí, dentro del actual cantón Jipijapa. La vida giraba en torno al mar: la pesca artesanal, la relación con la costa y el bosque seco tropical característico de la región, y un ritmo de vida pausado, propio de una comunidad alejada de los grandes centros urbanos.
Jipijapa, la cabecera cantonal hacia el interior, es una ciudad de tradición agrícola (célebre, entre otras cosas, por su vínculo histórico con la elaboración de los sombreros de paja toquilla, los mal llamados 'sombreros de Panamá', y con el café). Puerto Cayo, en cambio, mantuvo su carácter costero y pesquero, como salida al mar de esa región.
Durante mucho tiempo, Puerto Cayo fue una localidad apacible y poco conocida fuera de Manabí, una de tantas caletas tranquilas del litoral central ecuatoriano. Esa identidad de pueblo de pescadores sereno es, todavía hoy, parte esencial de su encanto, aun cuando el turismo haya ido sumando una nueva dimensión a su vida.
La proyección turística de Puerto Cayo llegó de la mano de dos fenómenos relacionados: el desarrollo de la Ruta del Spondylus y el auge del avistamiento de ballenas. La Ruta del Spondylus es el nombre con que se promociona el corredor turístico de la carretera costera que recorre el litoral de las provincias de Santa Elena y Manabí, articulando playas, pueblos de pescadores, áreas protegidas y sitios arqueológicos en un solo eje. Puerto Cayo quedó así integrado a una ruta que pone en valor toda la costa central.
Pero el gran impulso vino del turismo de naturaleza, y muy especialmente del avistamiento de ballenas jorobadas. Cada año, entre junio y octubre, estos cetáceos migran desde la Antártida hasta las cálidas aguas frente a la costa de Manabí para aparearse y dar a luz. La costa que va desde Puerto Cayo hasta Puerto López se convirtió en uno de los mejores escenarios de Sudamérica para observarlas, y Puerto Cayo, situado prácticamente al inicio de ese corredor, pasó a ser uno de los puntos de salida de las excursiones.
Este turismo de ballenas, junto con el atractivo de las playas tranquilas y la gastronomía marinera, transformó a Puerto Cayo de caleta poco conocida en una parada y punto de salida valorado dentro del circuito costero, aunque conservando su escala pequeña y su ambiente sereno.
La historia de Puerto Cayo es inseparable de su entorno natural, que comparte con una de las áreas protegidas más importantes de la costa ecuatoriana: el Parque Nacional Machalilla, situado un poco más al sur. Machalilla, el único parque nacional costero del Ecuador, protege un valioso ecosistema de bosque seco tropical, una franja marina, islas como la Isla de la Plata y un riquísimo patrimonio arqueológico y cultural, además de ser parte fundamental del corredor de avistamiento de ballenas.
Puerto Cayo se encuentra en esa misma región de transición entre el mar y el bosque seco, un ecosistema particular y frágil, caracterizado por árboles que pierden las hojas en la estación seca y por una fauna adaptada a esas condiciones. La costa abierta, además, es hábitat y zona de paso de aves marinas, delfines, tortugas y, en temporada, las ballenas jorobadas.
Como toda la provincia de Manabí, Puerto Cayo y su región se vieron afectados por el terremoto del 16 de abril de 2016, que sacudió la costa central. Más allá de ese episodio, Puerto Cayo mantiene hoy su carácter de pueblo de playa tranquilo, ligado a la pesca, a la naturaleza del bosque seco y el mar, y al turismo sereno de la Ruta del Spondylus.