En 1535, un barco que iba del Perú a Panamá quedó a la deriva, sin viento, arrastrado por las corrientes hasta un puñado de islas volcánicas perdidas en el Pacífico. A bordo iba fray Tomás de Berlanga, obispo de Panamá, que dejó el primer registro europeo de las Galápagos: un lugar tan seco y desconcertante que, escribió, parecía que Dios había hecho llover piedras. Así empezó la historia escrita de un archipiélago que, por sus corrientes traicioneras y lo difícil que era fijar su posición, los marineros bautizaron 'Las Encantadas'. Cuatro siglos después, en una de esas islas —Santa Cruz— nacería Puerto Ayora.
El archipiélago, de origen volcánico, emergió del océano Pacífico a unos 1.000 km de la costa continental del Ecuador y permaneció deshabitado por seres humanos durante casi toda su existencia, lo que permitió la evolución de su fauna única.
Durante los siglos XVII y XVIII, las islas fueron refugio de piratas y corsarios que asolaban las costas del Pacífico español, y más tarde, en el siglo XIX, base de los balleneros que faenaban en estas aguas. Unos y otros diezmaron las poblaciones de tortugas gigantes, que cargaban vivas en sus barcos como reserva de carne fresca, ya que podían sobrevivir meses sin comer ni beber. Ese saqueo marcó el inicio de la presión humana sobre la fauna de las islas.
En 1832, recién independizado, el Ecuador anexó oficialmente el archipiélago. Tres años después, en 1835, el joven naturalista Charles Darwin llegó a bordo del HMS Beagle y pasó cinco semanas estudiando la flora y la fauna; sus observaciones sobre las diferencias entre los pinzones y las tortugas de cada isla serían claves para su teoría de la evolución por selección natural, publicada en 'El origen de las especies' (1859). La isla Santa Cruz, donde hoy se levanta Puerto Ayora, era entonces un territorio agreste y prácticamente despoblado.
Puerto Ayora se asienta en la bahía de la Academia (Academy Bay), en la costa sur de la isla Santa Cruz. La historia de la ciudad moderna arranca en la década de 1920, cuando un grupo de colonos noruegos desembarcó en Santa Cruz con un sueño concreto: montar una fábrica de conservas y una comuna agrícola en aquellas islas remotas. Los primeros noruegos llegaron hacia 1926 y se dedicaron a la pesca y al enlatado de tortuga, langosta y mero, en la resguardada bahía de la Academia, cuyo fondeadero protegido resultaba ideal para el trato con los barcos que venían del continente. El proyecto, sin embargo, fracasó pronto: la caldera de la enlatadora explotó en 1927 y terminó con la aventura industrial. Un poco después llegaron otros noruegos y un puñado de europeos, estadounidenses y ecuatorianos, todos buscando una vida más simple. A fines de los años veinte, el asentamiento recibió oficialmente el nombre de Puerto Ayora, en homenaje a Isidro Ayora, entonces presidente del Ecuador.
La vida de aquellos primeros pobladores fue durísima: el agua dulce era escasa, el suelo difícil y el aislamiento extremo, con barcos que pasaban sólo de tarde en tarde. Subsistían de la pesca, de la agricultura en las tierras altas y de la ganadería. La 'Playa de los Alemanes', cerca del pueblo, recuerda a otro grupo de aquellos primeros colonos europeos. Aquella pequeña comunidad, mezcla de ecuatorianos continentales e inmigrantes escandinavos y centroeuropeos, fue el germen de lo que con el tiempo se convertiría en la principal localidad del archipiélago.
Durante décadas, Puerto Ayora fue una aldea pesquera apartada, ajena al turismo, cuyo destino cambiaría radicalmente a partir de mediados del siglo XX con la irrupción de la ciencia y la conservación.
El punto de inflexión en la historia de Puerto Ayora llegó con la institucionalización de la conservación de Galápagos. En 1959, coincidiendo con el centenario de la publicación de 'El origen de las especies' de Charles Darwin, el Ecuador declaró el Parque Nacional Galápagos, que protegió la mayor parte de la superficie del archipiélago. Poco después, en 1964, se inauguró cerca de Puerto Ayora la Estación Científica Charles Darwin, gestionada por la Fundación Charles Darwin, que convirtió a la localidad en el centro de la investigación y la conservación de las islas.
La estación impulsó programas pioneros, como la cría en cautiverio de tortugas gigantes para repoblar las islas, y se volvió un emblema mundial de la protección de la biodiversidad. Aquí vivió sus últimos años el célebre 'Solitario George', el último ejemplar de la tortuga gigante de la isla Pinta, símbolo planetario de las especies al borde de la extinción, fallecido en 2012.
A partir de los años setenta y ochenta, el turismo de naturaleza creció con fuerza y Puerto Ayora se transformó: de aldea pesquera pasó a ser la ciudad más poblada y dinámica de Galápagos, con hoteles, restaurantes, agencias y una bulliciosa vida ligada al visitante. En 1978, la Unesco declaró a Galápagos su primer Patrimonio de la Humanidad, y en 1986 se creó la Reserva Marina de Galápagos, una de las más grandes del mundo, que protege las aguas que rodean las islas.
Hoy Puerto Ayora, con varios miles de habitantes, encarna como ningún otro lugar el dilema central de Galápagos: cómo conciliar el desarrollo de una población creciente y un turismo que mueve la economía con la necesidad de preservar uno de los ecosistemas más valiosos y frágiles del planeta. La ciudad concentra la mayor parte de la infraestructura turística del archipiélago y recibe cada año a cientos de miles de visitantes.
Ese éxito trae consigo enormes desafíos: la presión sobre el agua dulce y la energía, la generación de residuos, el riesgo de introducción de especies invasoras (uno de los mayores peligros para la fauna nativa), la pesca y el crecimiento urbano. Para enfrentarlos, las autoridades han establecido controles estrictos: la Tarjeta de Control de Tránsito del INGALA, que regula el ingreso de personas; cuarentenas y controles de equipaje para frenar especies invasoras; límites a la residencia y al uso de la tierra; y una tarifa de ingreso al Parque Nacional que en agosto de 2024 se duplicó hasta los 200 dólares para turistas extranjeros adultos, con el fin de financiar la conservación.
La Estación Científica Charles Darwin y el Parque Nacional siguen trabajando en programas de restauración —como la recuperación de las tortugas gigantes y la erradicación de especies introducidas en varias islas—, muchos de ellos con resultados notables. Visitar Puerto Ayora hoy es asomarse a ese equilibrio en tensión permanente: un pueblo vibrante y acogedor que vive del mar y del turismo, en el corazón de un laboratorio natural irrepetible que el mundo entero se ha comprometido a proteger.