Mucho antes de que existiera ciudad alguna, las orillas del río Guayas y el golfo que lleva el mismo nombre estaban habitadas por pueblos originarios de la costa ecuatoriana. Los principales eran los huancavilcas, una confederación de señoríos costeros, y los punáes, habitantes de la isla Puná, en la boca del golfo. Eran sociedades de pescadores, agricultores, navegantes y, sobre todo, hábiles comerciantes que dominaban el tráfico marítimo a lo largo de la costa del Pacífico.
Estos pueblos formaban parte de una larga tradición cultural de la costa, heredera de civilizaciones milenarias como Valdivia —una de las culturas cerámicas más antiguas de América—, Chorrera, Machalilla y, más tarde, Manteño-Huancavilca. Su comercio a larga distancia, realizado en balsas de troncos con velas, conectaba la costa ecuatoriana con regiones tan lejanas como el norte de Perú y, según muchas interpretaciones, con Mesoamérica, a través del intercambio de la concha spondylus, un molusco sagrado de gran valor ritual.
Cuando llegaron los españoles, la región del Guayas era un territorio rico y disputado. Los punáes, en particular, opusieron una resistencia tenaz a la conquista, y los enfrentamientos entre españoles e indígenas marcaron los primeros y difíciles intentos de fundar una ciudad en estas tierras. La huella de aquellos pueblos perdura en el nombre mismo del río y la provincia —Guayas— y en la identidad costeña de la región.
La fundación de Guayaquil no fue un acto único, sino el resultado de varios intentos a lo largo de la difícil conquista de la costa. Las primeras tentativas se remontan a hacia 1534, de la mano del conquistador Sebastián de Benalcázar, y a una nueva fundación en 1535, pero la dureza del clima, las enfermedades y, sobre todo, la feroz resistencia de los pueblos indígenas de la región —en especial los punáes y los chonos— hicieron fracasar o desplazar aquellos primeros asentamientos.
La fundación que la tradición considera definitiva se atribuye a Francisco de Orellana —el mismo conquistador que poco después protagonizaría la primera navegación del río Amazonas— hacia 1537-1538. Bajo su mando, la ciudad de Santiago de Guayaquil quedó finalmente establecida al pie del Cerro Santa Ana, en el lugar que hoy ocupa el histórico barrio de Las Peñas, junto al río Guayas. El nombre 'Santiago' honraba al apóstol patrono de España, y 'Guayaquil' recogía el topónimo indígena de la región.
Desde su nacimiento, la ubicación de Guayaquil definió su destino. Asentada junto a un gran río navegable, cerca de su desembocadura en el golfo, la ciudad estaba llamada a ser un puerto. Pronto se convirtió en astillero —aprovechando las excelentes maderas de la región— y en punto de embarque de las mercancías que bajaban desde la sierra y el interior. Esa vocación portuaria, comercial y marinera sería la marca de identidad de Guayaquil a lo largo de toda su historia.
La condición de gran puerto del Pacífico sur convirtió a Guayaquil en un objetivo tan próspero como vulnerable. Durante el siglo XVII, cuando piratas, corsarios y bucaneros recorrían las costas americanas en busca de botín, la ciudad sufrió varios asaltos. Atraídos por las mercancías que pasaban por su rada y por las riquezas que bajaban desde el interior, los bucaneros atacaron y saquearon Guayaquil en distintas ocasiones; uno de los asaltos más célebres fue el de 1687, llevado a cabo por una banda de piratas que tomó y desvalijó la ciudad tras duros combates.
Para defenderse, la ciudad se fortificó: en lo alto del Cerro Santa Ana se levantó un fortín con cañones —cuyos vestigios todavía pueden verse hoy junto al faro—, y la entrada del río se vigilaba para anticipar la llegada de los atacantes. Aun así, la amenaza pirata fue una constante de la vida colonial guayaquileña, y dejó historias de defensa heroica que forman parte del imaginario de la ciudad.
El otro gran enemigo de Guayaquil fue el fuego. Construida en buena parte con madera —el material abundante y barato de la región, ideal para sus astilleros pero peligrosamente inflamable—, la ciudad sufrió a lo largo de su historia incendios devastadores que arrasaron barrios enteros. El más recordado es el llamado 'Incendio Grande' de 1896, que destruyó gran parte del casco antiguo. Estas catástrofes, sumadas a inundaciones y epidemias, obligaron a reconstruir la ciudad una y otra vez, lo que explica que se conserve poca arquitectura colonial original y que barrios como Las Peñas, sobrevivientes del fuego, sean tan valorados como patrimonio.
La página más gloriosa de la historia de Guayaquil se escribió el 9 de octubre de 1820. Ese día, un grupo de patriotas, militares y vecinos de la ciudad protagonizó un levantamiento que logró expulsar a las autoridades coloniales españolas y proclamar la independencia. Guayaquil se convirtió así en la primera ciudad del actual Ecuador en liberarse del dominio español, un hito que la llena de orgullo y que se celebra cada año como su gran fiesta cívica.
Tras el triunfo del movimiento, los líderes de la gesta proclamaron la 'Provincia Libre de Guayaquil', un Estado autónomo que se dio sus propias autoridades y que jugaría un papel clave en la liberación del resto del territorio. Desde Guayaquil partieron tropas y recursos para apoyar la campaña independentista en la sierra, que culminaría en la decisiva batalla de Pichincha de 1822, con la que se selló la independencia de lo que entonces se llamaba la Real Audiencia de Quito.
De aquel momento fundacional nació el himno a Guayaquil, que comienza con el célebre verso '¡Ya el sol vuelve a alumbrar!', una de las expresiones más queridas de la identidad guayaquileña. La fecha del 9 de octubre quedó grabada como el día de la independencia de la ciudad y forma parte, junto con la efeméride nacional, de las grandes celebraciones del Ecuador. Los monumentos a los próceres y a la libertad que jalonan el Malecón 2000 y las plazas del centro mantienen viva esa memoria.
En julio de 1822, Guayaquil fue escenario de uno de los episodios más célebres y enigmáticos de toda la historia de América: la Entrevista de Guayaquil, el encuentro entre los dos grandes libertadores del continente, Simón Bolívar y José de San Martín. Bolívar venía de liberar el norte de Sudamérica (la Gran Colombia); San Martín, de independizar el sur (Argentina, Chile y Perú). Ambos se reunieron en la ciudad para decidir el rumbo de la liberación final del continente, especialmente la situación del Perú.
El contenido exacto de las conversaciones, celebradas en buena parte en privado, nunca se conoció con certeza, y por eso la Entrevista de Guayaquil sigue siendo uno de los grandes misterios de la historiografía americana. Lo que sí se sabe es su resultado: poco después del encuentro, San Martín renunció a todo protagonismo, se retiró de la vida pública y dejó a Bolívar la conducción de la campaña que culminaría con la independencia definitiva del Perú y de Sudamérica. Las razones de ese retiro —si fueron una cuestión de estrategia, de carácter, de diferencias políticas o de generosidad— son objeto de debate hasta hoy.
Un elemento añadido del episodio fue la propia suerte de Guayaquil. La ciudad, que se había declarado provincia libre y autónoma, fue incorporada por Bolívar a la Gran Colombia en ese mismo 1822, cerrando la breve etapa independiente de la 'Provincia Libre de Guayaquil'. El recuerdo de aquel encuentro decisivo está hoy inmortalizado en La Rotonda, el imponente monumento del Malecón 2000 que muestra a Bolívar y San Martín estrechándose la mano frente al río Guayas, en el mismo escenario donde se decidió el destino de la independencia.
A lo largo de los siglos XIX y XX, la prosperidad de Guayaquil estuvo ligada a sus grandes ciclos de exportación. El primero fue el del cacao: la región del Guayas se convirtió en uno de los mayores productores mundiales de este fruto, conocido como la 'pepa de oro', cuya exportación hizo la fortuna de la ciudad y de las familias terratenientes de la costa, y financió buena parte de su modernización. Guayaquil se llenó de comercio, banca y vida cosmopolita, ganándose el apodo de 'Perla del Pacífico'.
Tras la crisis del cacao a comienzos del siglo XX, el relevo lo tomó el banano: a mediados de siglo, Ecuador se convirtió en uno de los principales exportadores de banano del mundo, y Guayaquil, como gran puerto del país, fue el motor y el principal beneficiario de ese auge. La ciudad creció enormemente, recibió oleadas de migrantes del campo y de la sierra, y se expandió, aunque también acumuló problemas urbanos, de servicios y de desigualdad propios de un crecimiento acelerado.
La gran transformación contemporánea llegó al filo del año 2000 con un ambicioso plan de regeneración urbana. Su obra emblema fue el Malecón 2000, inaugurado entre 1999 y 2000, que recuperó la degradada ribera del río Guayas y la convirtió en el gran paseo de la ciudad. Le siguieron la recuperación del barrio histórico de Las Peñas, la transformación del Cerro Santa Ana en su escalinata de colores y nuevos espacios públicos, museos y sistemas de transporte como la Metrovía y, más tarde, la Aerovía. Aquella regeneración reconcilió a Guayaquil con su río y con su historia, y dio paso a la ciudad moderna que hoy combina su pujanza portuaria de siempre con un nuevo atractivo turístico.