Mucho antes de que existiera Bogotá, la sabana en la que hoy se levanta la ciudad era el corazón del pueblo muisca, una de las grandes civilizaciones prehispánicas de Colombia. Los muiscas (también llamados chibchas) eran una sociedad agrícola muy organizada, asentada en el altiplano cundiboyacense, con avanzados conocimientos de agricultura, astronomía, comercio y orfebrería. Cultivaban maíz y papa en las tierras altas, explotaban la sal (de ahí la importancia de lugares como Zipaquirá) y comerciaban con esmeraldas y algodón.
Políticamente se organizaban en confederaciones gobernadas por caciques. Los dos señoríos más poderosos eran el del zipa, con centro en Bacatá (de donde viene el nombre Bogotá), y el del zaque, con centro en Hunza (la actual Tunja). El nombre 'Bacatá' es de origen muisca y suele interpretarse como 'cercado fuera de la labranza' o un topónimo ligado a la geografía del lugar. Cuando llegaron los españoles, este territorio estaba densamente poblado y profundamente arraigado en su propia cultura, lengua y religión.
Entre los muiscas existía una ceremonia que, transformada y exagerada por los conquistadores, daría origen a una de las leyendas más famosas de la historia: El Dorado. En la laguna sagrada de Guatavita, cerca de Bogotá, el nuevo cacique (según las crónicas) se cubría el cuerpo con polvo de oro y se internaba en una balsa hasta el centro del agua, donde él y los sacerdotes arrojaban ofrendas de oro y esmeraldas como tributo a los dioses. Esa figura del 'hombre dorado' es la que está representada en la célebre Balsa Muisca del Museo del Oro.
Los españoles, al escuchar estos relatos, los entendieron de manera literal y desmesurada: imaginaron una ciudad o un reino enteramente hecho de oro. La búsqueda obsesiva de El Dorado movilizó expediciones durante décadas por toda Sudamérica y costó miles de vidas, sin que nadie encontrara jamás esa ciudad que nunca existió. La leyenda, sin embargo, marcó para siempre la imagen del territorio y sigue siendo parte central del relato de Bogotá.
En 1536 partió desde la costa caribe, hacia el interior, una expedición al mando de Gonzalo Jiménez de Quesada en busca de El Dorado y de un paso hacia el Perú. Tras una marcha durísima por selvas y ríos, en la que murió la mayoría de sus hombres, Quesada llegó al altiplano y se encontró con el densamente poblado territorio muisca. Sometió a los muiscas en una conquista relativamente rápida, aprovechando rivalidades internas y la superioridad de las armas españolas, y se apoderó de un enorme botín de oro y esmeraldas.
La tradición fija la fundación de la ciudad el 6 de agosto de 1538, cuando Quesada estableció un campamento al que llamaron Nuestra Señora de la Esperanza, en el sitio que hoy conocemos como el Chorro de Quevedo, en La Candelaria. La ciudad recibió el nombre de Santa Fe, al que luego se le sumó el del territorio, dando 'Santa Fe de Bogotá'. La fundación jurídica formal, con todos los requisitos burocráticos españoles, se completó en 1539. Pocos años después, la corona la elevó a la categoría de ciudad y la convirtió en la capital del Nuevo Reino de Granada.
Durante la Colonia, Santa Fe de Bogotá creció como centro administrativo, religioso y cultural del Nuevo Reino de Granada. La ciudad se organizó alrededor de la plaza mayor (hoy Plaza de Bolívar) siguiendo el típico trazado en damero español, con la catedral, el cabildo y las casas de los poderosos en torno a ella. Las órdenes religiosas (dominicos, franciscanos, jesuitas, agustinos) levantaron iglesias, conventos y colegios que todavía hoy definen el paisaje de La Candelaria.
En 1717, y de forma definitiva en 1739, Santa Fe se convirtió en la capital del Virreinato de la Nueva Granada, uno de los grandes virreinatos del imperio español en América, lo que aumentó su importancia política. En el siglo XVIII la ciudad fue, además, sede de la Real Expedición Botánica dirigida por el sabio José Celestino Mutis, un ambicioso proyecto científico que catalogó la flora del territorio y formó a una generación de criollos ilustrados, varios de los cuales luego liderarían la independencia.
Bogotá fue uno de los epicentros del proceso de independencia. El 20 de julio de 1810, un incidente en torno a un florero en la plaza mayor (el famoso 'Florero de Llorente') desató el Grito de Independencia, que dio inicio a la ruptura con España. Tras años de guerras y la reconquista española, la victoria de Simón Bolívar en la Batalla de Boyacá, en 1819, selló la independencia y abrió el camino a la liberación del territorio.
Con la independencia, Bogotá pasó a ser la capital de la Gran Colombia, el ambicioso proyecto de Bolívar que unía a la actual Colombia, Venezuela, Ecuador y Panamá. Disuelta la Gran Colombia, la ciudad siguió siendo la capital de la nueva república (que con el tiempo se llamaría Colombia) y el centro del poder político, intelectual y cultural del país. Por su intensa vida académica y literaria, llegó a ser apodada 'la Atenas Suramericana'.
El siglo XX transformó a Bogotá de una ciudad provinciana y señorial a una metrópoli de millones de habitantes. Un punto de quiebre fue el 9 de abril de 1948: el asesinato del líder político Jorge Eliécer Gaitán desató 'El Bogotazo', una jornada de furia popular que destruyó buena parte del centro y marcó el inicio del período de violencia política conocido como 'La Violencia'. La ciudad se reconstruyó y, a partir de mediados de siglo, creció a un ritmo vertiginoso por la migración del campo a la ciudad, absorbiendo antiguos municipios como Usaquén o Suba.
A lo largo de las últimas décadas, Bogotá fue ganando infraestructura y vida cultural: nació el sistema de transporte masivo TransMilenio, se desarrolló la red de ciclorrutas y la Ciclovía dominical (un modelo imitado en el mundo), florecieron sus museos, su escena gastronómica y su arte urbano. Hoy es una capital enorme, diversa y contrastante, con cerca de ocho millones de habitantes, que combina su pasado muisca y colonial con una de las escenas culturales y gastronómicas más dinámicas de América Latina.