La historia de Praga empieza, como tantas grandes ciudades, en la frontera difusa entre el mito y la arqueología. La leyenda fundacional, recogida por el cronista Cosmas de Praga en el siglo XII, cuenta que la princesa Libuše, hija del legendario líder Krok y dotada del don de la profecía, gobernaba a los checos desde la roca de Vyšehrad, sobre el río Moldava (Vltava). Un día, en pleno trance, Libuše señaló hacia una colina del otro lado del río y anunció: 'Veo una gran ciudad cuya gloria tocará las estrellas'. Ordenó a sus enviados ir al bosque y construir un castillo en el lugar donde encontraran a un hombre labrando el umbral (en checo, 'práh') de su casa: de ahí, según el mito, el nombre Praha.
Libuše, presionada para tomar marido, eligió a Přemysl, un labrador, fundando así la dinastía de los Přemíslidas que gobernaría Bohemia durante siglos. Más allá de la leyenda, la arqueología confirma que las colinas a ambos lados del Moldava estuvieron habitadas desde tiempos prehistóricos, y que las dos fortalezas clave —el Castillo de Praga (Pražský hrad), fundado hacia el año 880 por el príncipe Bořivoj I, y Vyšehrad, algo posterior— se convirtieron en los polos en torno a los cuales creció la ciudad.
La figura cristiana decisiva de esos primeros tiempos es san Wenceslao (Václav), duque de Bohemia en el siglo X, asesinado por su hermano Boleslao hacia el año 935 y convertido enseguida en santo patrono del pueblo checo. Su culto y la rotonda que albergó sus restos en el Castillo dieron a Praga un peso espiritual que acompañaría a la ciudad durante toda la Edad Media.
El momento más glorioso de la historia de Praga llegó en el siglo XIV de la mano de Carlos IV de Luxemburgo (Karel IV), rey de Bohemia desde 1346 y emperador del Sacro Imperio Romano Germánico desde 1355. Criado en parte en la corte francesa y profundamente vinculado a su tierra natal, Carlos hizo de Praga la capital imperial y el centro político, intelectual y artístico de Europa central, transformándola en una de las ciudades más grandes y espléndidas del continente.
Las obras de su reinado todavía definen la silueta de la ciudad. En 1348 fundó la Universidad Carolina, la primera universidad de Europa central. Ese mismo año ordenó construir la Ciudad Nueva (Nové Město), un ambicioso ensanche urbano planificado en torno a grandes plazas como la actual Plaza de Wenceslao. Encargó el inicio de la catedral gótica de San Vito, en el Castillo, y mandó levantar el puente de piedra que hoy lleva su nombre, el Puente de Carlos (Karlův most), iniciado en 1357 para reemplazar uno anterior destruido por una crecida. Fuera de la ciudad hizo edificar el castillo de Karlštejn para custodiar las joyas de la Corona imperial.
Bajo Carlos IV, Praga fue elevada además a sede arzobispal (1344), lo que la independizó eclesiásticamente y reforzó su prestigio. Aquel siglo dejó a la ciudad un patrimonio gótico extraordinario y la memoria de una época en que, en palabras de la tradición checa, Praga fue verdaderamente el corazón de Europa.
A comienzos del siglo XV, Praga fue el escenario de uno de los movimientos religiosos más influyentes de la Europa premoderna. El teólogo y predicador Jan Hus, rector de la Universidad Carolina y predicador en la capilla de Belén, denunció la corrupción del clero y defendió la comunión bajo las dos especies (pan y vino) para todos los fieles, anticipándose en un siglo a la Reforma protestante de Lutero. Convocado al Concilio de Constanza con un salvoconducto, fue declarado hereje y quemado en la hoguera en 1415, lo que desató una enorme indignación en Bohemia.
El conflicto estalló en 1419 con la Primera Defenestración de Praga: una multitud husita irrumpió en el ayuntamiento de la Ciudad Nueva y arrojó por la ventana a varios concejales. Comenzaron así las guerras husitas (1419-1434), en las que los seguidores de Hus —liderados militarmente por el genial estratega tuerto Jan Žižka— resistieron una tras otra las cruzadas enviadas contra ellos. Bohemia se convirtió, durante décadas, en un territorio en buena parte separado de la obediencia a Roma.
Las guerras dejaron una huella profunda en la identidad checa: Jan Hus pasó a ser un héroe nacional y un símbolo de la libertad de conciencia (su gran monumento preside hoy la Plaza de la Ciudad Vieja), y el movimiento husita es considerado un precedente de la Reforma europea. El compromiso final, los Compactata de Basilea, reconoció parcialmente las demandas husitas, pero las tensiones religiosas marcarían la historia checa durante los dos siglos siguientes.
Desde 1526, la corona de Bohemia pasó a manos de la dinastía católica de los Habsburgo, que gobernaría el país durante casi cuatro siglos. Un paréntesis brillante fue el reinado del emperador Rodolfo II, que a fines del siglo XVI trasladó su corte a Praga (1583) y convirtió el Castillo en un centro de arte, alquimia y ciencia, atrayendo a astrónomos como Tycho Brahe y Johannes Kepler, pintores manieristas y toda clase de sabios y excéntricos. Fue una segunda edad de oro cultural para la ciudad.
Pero las tensiones entre la mayoría protestante de la nobleza checa y la corona católica acabaron por estallar. El 23 de mayo de 1618, en lo que se conoce como la Segunda (o Tercera) Defenestración de Praga, nobles protestantes arrojaron por una ventana del Castillo a dos gobernadores imperiales y a un secretario. El episodio desató una rebelión y, con ella, la Guerra de los Treinta Años (1618-1648), uno de los conflictos más devastadores de la historia europea.
La suerte de Bohemia se selló en la batalla de la Montaña Blanca (Bílá hora), a las puertas de Praga, el 8 de noviembre de 1620: la derrota de los nobles protestantes fue total. Al año siguiente, 27 líderes de la revuelta fueron ejecutados en la Plaza de la Ciudad Vieja, hecho recordado por las cruces incrustadas en el pavimento. Siguieron la recatolización forzosa, el exilio de buena parte de la élite protestante y la pérdida de la autonomía checa. Como contracara, la Praga barroca de iglesias, palacios y estatuas —incluidas muchas del Puente de Carlos— nació en buena medida de esta época de dominio católico habsbúrgico.
Durante el siglo XIX, bajo el dominio del Imperio austríaco y luego austrohúngaro, Praga vivió un poderoso renacimiento nacional checo (národní obrození). Intelectuales, lingüistas e historiadores como Josef Jungmann y František Palacký rescataron y modernizaron la lengua checa, escribieron la historia nacional y alimentaron una conciencia identitaria frente a la cultura germana dominante. Ese impulso se tradujo en monumentos emblemáticos como el Teatro Nacional, financiado por suscripción popular e inaugurado en 1881 (y reconstruido tras un incendio en 1883), o el Museo Nacional que corona la Plaza de Wenceslao.
La industrialización transformó la ciudad, que creció, se modernizó y absorbió barrios y suburbios. A comienzos del siglo XX, Praga era una urbe cosmopolita donde convivían checos, alemanes y una importante comunidad judía —de cuyo barrio (Josefov) y cuyo legado, con figuras como Franz Kafka, la ciudad guarda memoria—. El movimiento por la autonomía checa fue creciendo dentro del Imperio.
La Primera Guerra Mundial precipitó el desenlace. Con el derrumbe de Austria-Hungría, el 28 de octubre de 1918 se proclamó en Praga la independencia de Checoslovaquia, un nuevo Estado que unía a checos y eslovacos. Su primer presidente fue el filósofo y estadista Tomáš Garrigue Masaryk, y Praga se convirtió en su capital. La joven república democrática, una de las pocas que sobrevivió en la Europa central de entreguerras, vivió un período de prosperidad y vitalidad cultural truncado por la amenaza nazi de finales de los años treinta.
El siglo XX trajo a Praga sus capítulos más oscuros. Tras el Acuerdo de Múnich de 1938, que entregó a la Alemania nazi los Sudetes, las tropas de Hitler ocuparon el resto de Bohemia y Moravia en marzo de 1939, instaurando el Protectorado de Bohemia y Moravia. La ocupación fue brutal: la comunidad judía de Praga fue casi exterminada en el Holocausto —muchos pasaron por el campo-gueto de Terezín—, y la represión se recrudeció tras el atentado, en 1942, contra el jerarca nazi Reinhard Heydrich. Praga fue de las últimas grandes ciudades europeas en liberarse, durante el levantamiento de mayo de 1945.
La posguerra no trajo libertad. En febrero de 1948, el Partido Comunista tomó el poder en un golpe, y Checoslovaquia quedó integrada al bloque soviético. Siguieron décadas de régimen autoritario, juicios políticos y economía planificada. El intento de reforma más célebre llegó en 1968: la llamada Primavera de Praga, encabezada por Alexander Dubček, que prometía un 'socialismo con rostro humano' con mayores libertades. La respuesta fue la invasión de los tanques del Pacto de Varsovia en agosto de ese año, que aplastó las reformas y dio paso a la dura 'normalización'.
El régimen comunista se desmoronó finalmente en noviembre de 1989 con la Revolución de Terciopelo (sametová revoluce), una transición pacífica impulsada por manifestaciones masivas en la Plaza de Wenceslao y liderada por el dramaturgo y disidente Václav Havel, que se convirtió en presidente. En 1993, la separación pacífica de Checoslovaquia (el 'divorcio de terciopelo') dio nacimiento a la República Checa, con Praga como capital. En 1992, el centro histórico de Praga fue inscrito como Patrimonio Mundial de la Unesco.