Mucho antes de que existiera la ciudad, el punto donde el lago Ontario se vacía en el río San Lorenzo era un lugar de paso y encuentro para los pueblos originarios, en territorio frecuentado por naciones de lengua iroquesa (haudenosaunee) y algonquina. Su valor estratégico —el control de la entrada del San Lorenzo y la ruta hacia los Grandes Lagos— no pasó inadvertido para los europeos.
En 1673, los franceses de Nueva Francia establecieron allí el Fort Frontenac, llamado así en honor al gobernador Louis de Buade, conde de Frontenac. El fuerte funcionó como puesto de comercio de pieles y como avanzada militar para proyectar la influencia francesa sobre la región de los Grandes Lagos y controlar el comercio con los pueblos indígenas. El célebre explorador René-Robert Cavelier de La Salle estuvo vinculado al fuerte en sus primeros años.
Durante casi un siglo, Fort Frontenac fue un punto disputado en las guerras coloniales entre franceses, británicos y sus respectivos aliados indígenas. Con la caída de Nueva Francia en manos británicas a mediados del siglo XVIII (tras la Guerra de los Siete Años), el sitio pasó a control británico, sentando las bases para lo que, décadas más tarde, sería la ciudad de Kingston.
La ciudad moderna de Kingston nació a partir de un movimiento de población que marcó toda la historia del Alto Canadá: la llegada de los United Empire Loyalists. Tras la independencia de Estados Unidos, miles de colonos que habían permanecido leales a la Corona británica abandonaron las antiguas colonias y emigraron hacia los territorios que seguían siendo británicos. Muchos de ellos se asentaron a orillas del lago Ontario y del San Lorenzo.
En 1784, estos Loyalists fundaron un asentamiento en el sitio del antiguo Fort Frontenac, que recibió el nombre de Kingston, en honor al rey Jorge III ('la ciudad del rey'). El pueblo creció con rapidez aprovechando su excelente puerto natural y su posición estratégica, convirtiéndose en un centro de comercio, transporte y construcción naval en el lago Ontario.
Durante las décadas siguientes, Kingston se afianzó como uno de los principales núcleos del Alto Canadá. Su carácter quedó definido por la lealtad británica de sus fundadores, su vocación portuaria y militar, y el uso de la piedra caliza local en sus construcciones, que con el tiempo le valdría el apodo de 'Limestone City'.
La guerra de 1812 entre Gran Bretaña y Estados Unidos puso a Kingston en el centro de la estrategia militar británica. Por su posición clave en el lago Ontario, la ciudad se convirtió en la principal base naval británica de los Grandes Lagos: allí se construyeron y repararon buques de guerra y se concentraron tropas. El conflicto dejó claro que controlar Kingston era esencial para defender el Alto Canadá de una invasión estadounidense.
Terminada la guerra, los británicos emprendieron un ambicioso programa de defensa. Entre 1832 y 1837 levantaron el Fort Henry sobre la colina que domina el puerto, reemplazando una fortificación anterior, y construyeron una serie de torres Martello (torres defensivas redondas) alrededor de la ciudad y el puerto. El objetivo era proteger la base naval, el astillero y el extremo de una nueva y crucial vía de comunicación: el Canal Rideau.
El Canal Rideau, construido entre 1826 y 1832 bajo la dirección del teniente coronel John By, fue una obra de ingeniería militar monumental: 202 kilómetros de canales, esclusas, lagos y ríos que conectaban Kingston con Bytown (la futura Ottawa). Su propósito era ofrecer una ruta de abastecimiento segura entre Montreal y los Grandes Lagos que no dependiera del río San Lorenzo, demasiado expuesto a un ataque desde la frontera estadounidense. El canal —hoy Patrimonio Mundial de la Unesco— y las fortificaciones de Kingston convirtieron a la ciudad en una de las plazas militares más importantes de la Norteamérica británica.
El momento de mayor protagonismo político de Kingston llegó en 1841. Tras las rebeliones de 1837 y la unión del Alto y el Bajo Canadá en una sola Provincia Unida de Canadá, se eligió a Kingston como la primera capital de la nueva entidad. La ciudad, próspera y estratégica, se preparó para su nuevo rol: de esa época es el majestuoso City Hall de piedra caliza, inaugurado en 1844, concebido a la altura de las ambiciones de una capital.
Sin embargo, el esplendor político fue breve. Kingston resultaba demasiado pequeña para albergar al gobierno y, sobre todo, demasiado cercana a la frontera con Estados Unidos, lo que la hacía vulnerable en caso de conflicto. Ya en 1844, la capital se trasladó a Montreal, y en las décadas siguientes fue alternando entre distintas ciudades hasta que, en 1857, la reina Victoria designó a Ottawa como capital permanente. El monumental ayuntamiento quedó como testimonio de aquellos años de gloria.
Kingston, sin embargo, conservó un peso político simbólico gracias a uno de sus hijos más ilustres: Sir John A. Macdonald, abogado de la ciudad que se convirtió en el primer primer ministro de Canadá tras la Confederación de 1867 y en uno de los principales arquitectos del país. Macdonald representó a Kingston en el Parlamento durante gran parte de su carrera, y la ciudad guarda sitios y memoriales ligados a su figura, una de las más influyentes —y, a la luz de la historia reciente, también más debatidas— de la historia canadiense.
Tras perder la capitalidad, Kingston se reinventó como ciudad de instituciones, conocimiento y servicios. En 1841-1842 se fundó, por Carta Real de la reina Victoria, la Queen's University, que con el tiempo se convertiría en una de las universidades más prestigiosas de Canadá y en una de las almas de la ciudad. Más tarde se estableció el Royal Military College of Canada (1876), la academia militar del país, en la orilla opuesta al centro, reforzando la histórica vocación castrense de Kingston.
La ciudad también albergó instituciones penitenciarias de alcance nacional. La Kingston Penitentiary, inaugurada en 1835, fue una de las prisiones de máxima seguridad más antiguas y conocidas de Canadá, en funcionamiento hasta 2013. Su imponente complejo de piedra caliza junto al lago es hoy una atracción turística y un testimonio de la historia del sistema penal canadiense, acompañada por el Penitentiary Museum.
El reconocimiento internacional al patrimonio de Kingston llegó en 2007, cuando la Unesco inscribió el Canal Rideau —con sus esclusas, sus estructuras originales y las fortificaciones de Kingston (incluido Fort Henry)— en la lista de Patrimonio Mundial, como el ejemplo mejor conservado de un canal de la primera mitad del siglo XIX en Norteamérica. Hoy Kingston combina su rico legado histórico, su arquitectura de piedra caliza y su ambiente universitario y náutico para presentarse como una de las ciudades históricas más atractivas del país.