Antes de que franceses, holandeses y portugueses se disputaran su control, la isla donde hoy se levanta São Luís estaba habitada por pueblos de lengua tupí, principalmente los tupinambás. Ellos llamaban a la isla Upaon-Açu, que en tupí significa 'isla grande'. Vivían de la pesca, la caza, la recolección de mariscos y el cultivo de la mandioca, distribuidos en aldeas a lo largo de las costas, entre las bahías de São Marcos y São José, en un territorio rico en recursos y bien protegido por el mar.
La posición de la isla, en la desembocadura de varios ríos y entre dos grandes bahías, la convertía en un lugar estratégico para la navegación y el control del litoral. Los tupinambás del norte mantenían relaciones —comerciales y conflictivas— con otros pueblos de la región y, con la llegada de los europeos a comienzos del siglo XVII, se vieron envueltos en las alianzas y guerras de la conquista. Su conocimiento del territorio fue decisivo en los primeros años de la colonización.
La huella de aquel mundo indígena perdura en la toponimia y en la memoria de la región. El nombre Upaon-Açu sigue evocando el origen de la isla, y la mezcla de pueblos —indígenas, europeos y, sobre todo, africanos— que se produjo en los siglos siguientes daría forma a la identidad mestiza y profundamente afrobrasileña que caracteriza a São Luís y a todo Maranhão.
São Luís tiene el privilegio de ser la única capital de Brasil fundada por los franceses. A comienzos del siglo XVII, Francia intentó establecer una colonia en el norte de la actual costa brasileña, en una región que Portugal aún no había ocupado de manera efectiva. El proyecto, conocido como 'France Équinoxiale' (Francia Equinoccial), fue impulsado por nobles y comerciantes franceses con el respaldo de la Corona, y buscaba crear una base estable en el Atlántico ecuatorial.
El 8 de septiembre de 1612, una expedición comandada por Daniel de la Touche, señor de la Ravardière, junto a François de Razilly, desembarcó en la isla de Upaon-Açu y fundó allí un fuerte y un núcleo de poblamiento. La nueva ciudad fue bautizada 'Saint-Louis' en honor al joven rey de Francia, Luis XIII —de ahí el nombre São Luís en portugués—. Los franceses se aliaron con los tupinambás locales y levantaron el Forte São Luís en el punto donde hoy se encuentra el Palácio dos Leões.
La aventura francesa, sin embargo, fue breve. Portugal no estaba dispuesto a tolerar una colonia rival en una tierra que consideraba suya por el Tratado de Tordesillas, y organizó una expedición militar para expulsar a los franceses. La presencia francesa apenas duró tres años, pero dejó una marca imborrable: el nombre de la ciudad y el orgullo de ser la única capital brasileña de origen francés, un dato que São Luís reivindica como parte central de su identidad.
La presencia francesa en la isla terminó pronto. En 1614, las fuerzas portuguesas comandadas por Jerônimo de Albuquerque derrotaron a los franceses en la batalla de Guaxenduba, en las cercanías de la isla, en un combate decisivo. Al año siguiente, en 1615, los portugueses tomaron definitivamente el control de São Luís, expulsando a los últimos franceses y asegurando la región para la Corona portuguesa. La ciudad pasó así a integrarse en el dominio luso del norte de Brasil.
Pero la tranquilidad no duraría mucho. En el contexto de las guerras entre Portugal (entonces unido a España bajo la Unión Ibérica) y las Provincias Unidas de los Países Bajos, los holandeses, que ya habían ocupado parte del Nordeste azucarero, tomaron São Luís entre 1641 y 1644. Durante esos años, la ciudad estuvo bajo control de la Compañía Holandesa de las Indias Occidentales, antes de que los portugueses y la población local lograran expulsarlos y recuperar la plaza.
Tras estos episodios, São Luís quedó definitivamente bajo dominio portugués y comenzó a consolidarse como cabecera del Estado do Maranhão, una unidad administrativa que durante un tiempo dependió directamente de Lisboa y no del gobierno general del Brasil, dada su lejanía y su orientación atlántica hacia Portugal. Esa autonomía relativa marcaría buena parte de su historia colonial.
El gran esplendor de São Luís llegó en los siglos XVIII y XIX, de la mano de la economía agroexportadora. La región del Maranhão se convirtió en un importante productor de algodón —muy demandado por la industria textil europea, sobre todo durante la Revolución Industrial inglesa—, además de azúcar y arroz. Esta riqueza se sostuvo sobre el trabajo de una enorme población africana esclavizada, traída para las plantaciones, cuya herencia cultural es hoy uno de los pilares de la identidad maranhense.
La prosperidad del algodón financió la construcción del extraordinario conjunto arquitectónico que hace célebre a la ciudad: cientos de palacios, solares y sobrados levantados por la aristocracia mercantil, muchos de ellos revestidos con azulejos portugueses importados. Esos azulejos —el mayor conjunto de azulejería portuguesa de América Latina— no eran solo un lujo decorativo: protegían las paredes de la intensa humedad y el calor ecuatorial, y se convirtieron en la marca visual de la ciudad. A esa época pertenecen también las calles empedradas, las iglesias y los grandes edificios del poder.
São Luís no solo prosperó económicamente: floreció culturalmente. La ciudad dio una notable cantidad de escritores, poetas e intelectuales —figuras como Gonçalves Dias, uno de los grandes poetas del romanticismo brasileño, o Aluísio Azevedo—, lo que le valió el apodo de 'Atenas brasileira' (la Atenas brasileña). Fue uno de los centros culturales más importantes del país en el siglo XIX, un prestigio que aún forma parte del orgullo local.
El esplendor del algodón no fue eterno. Hacia fines del siglo XIX, la economía maranhense entró en declive: la competencia de otros productores mundiales de algodón (especialmente tras la Guerra de Secesión en Estados Unidos), la abolición de la esclavitud en 1888 y los cambios en los mercados internacionales golpearon duramente a la región. São Luís perdió dinamismo económico y su antiguo centro señorial, lleno de palacios y casas de azulejos, dejó de crecer y empezó a deteriorarse.
Paradójicamente, esa decadencia fue la gran aliada de la conservación. Al detenerse el crecimiento y la modernización, el centro histórico quedó en buena medida 'congelado' en el tiempo: no se demolieron los viejos sobrados para levantar edificios nuevos, como ocurrió en otras ciudades en expansión. Así, el extraordinario conjunto colonial de los siglos XVIII y XIX llegó hasta el siglo XX relativamente intacto, aunque muy degradado por el abandono. A fines del siglo XX, programas de restauración como el proyecto 'Reviver' recuperaron buena parte de las fachadas, las calles y los edificios.
El reconocimiento internacional llegó en 1997, cuando la Unesco inscribió el Centro Histórico de São Luís en la lista del Patrimonio de la Humanidad, destacando su excepcional conjunto urbano colonial, su trazado y su singular arquitectura revestida de azulejos. Hoy ese patrimonio convive con una identidad cultural vibrante —el Bumba meu boi, el tambor de crioula, el reggae que le valió el apodo de 'Jamaica brasileña'—, haciendo de São Luís una ciudad donde la historia, la arquitectura y la cultura popular se entrelazan de un modo único en Brasil.
La identidad de São Luís se completa con su extraordinaria riqueza cultural, profundamente marcada por la herencia africana. La gran población esclavizada que sostuvo la economía del algodón dejó una huella imborrable en la música, la danza, la religiosidad y la cocina maranhenses. De ese legado nacieron manifestaciones que hoy son símbolos de la ciudad y del estado.
La más célebre es el Bumba meu boi, un auto popular que combina teatro, música, danza y religiosidad en torno a la historia de un buey que muere y resucita. Cada junio, ligado a las fiestas juninas, los grupos de Bumba meu boi —organizados en distintos 'sotaques' o estilos— llenan la ciudad de tambores, trajes bordados y cantos en una de las fiestas populares más ricas de Brasil, reconocida como Patrimonio Cultural Inmaterial nacional y distinguida por la Unesco. A esa tradición se suma el tambor de crioula, una danza de raíz africana también reconocida como patrimonio inmaterial.
Pero São Luís tiene además una identidad musical singular y más reciente: es la capital brasileña del reggae, hasta el punto de ser apodada la 'Jamaica brasileña'. Desde mediados del siglo XX, el reggae jamaicano caló hondo en la ciudad y dio origen a una cultura propia —con sus 'radiolas' (grandes equipos de sonido), bailes y un museo dedicado al género—. Esa combinación de patrimonio colonial portugués, raíz afrobrasileña, fiesta popular y reggae hace de São Luís un caso único en el mapa cultural de Brasil.