Apolonia nació de la gran expansión colonizadora del mundo griego. Hacia el 588 a.C., colonos procedentes de Corinto y de su colonia Corcira (la actual Corfú) fundaron la ciudad en la costa adriática, en territorio de las tribus ilirias que poblaban esta parte de los Balcanes. La bautizaron en honor a Apolo, uno de los dioses más venerados del panteón griego, y eligieron un emplazamiento estratégico: unas colinas cerca de la desembocadura del río Aoos (el actual Vjosa), con un buen puerto y acceso a las rutas comerciales tanto marítimas como hacia el interior ilirio.
La nueva colonia prosperó con rapidez. Su riqueza se basaba en el comercio —era un punto de intercambio entre el mundo griego y los pueblos del interior— y, según las fuentes antiguas, también en la explotación de recursos como el betún (asfalto natural) de la región. Apolonia acuñó su propia moneda, se dotó de murallas, templos, teatros y edificios públicos, y llegó a ser una de las ciudades más importantes y prósperas de toda la costa oriental del Adriático.
Como muchas colonias griegas, Apolonia mantuvo un carácter mixto: población de origen griego conviviendo e interactuando con el sustrato ilirio local. Fue una polis con sus instituciones a la manera griega, y a la vez una ciudad de frontera entre dos mundos. Esa condición de puente entre la civilización griega y el interior balcánico marcaría toda su historia y explica en parte su prosperidad y su relevancia.
El momento de mayor esplendor de Apolonia llegó bajo el dominio de Roma. Cuando los romanos se expandieron por los Balcanes, a costa del reino de Macedonia y de los pueblos ilirios, Apolonia supo alinearse con la potencia emergente y fue recompensada con el estatus de ciudad libre y aliada. Su posición se volvió aún más estratégica: junto con la vecina Dyrrachium (Durrës), Apolonia era uno de los puntos de arranque de la Vía Egnatia, la gran calzada que unía el Adriático con Oriente, y una de las puertas de entrada a los Balcanes para quien venía de Italia.
Bajo Roma, la ciudad alcanzó gran prosperidad y fama, sobre todo como centro de cultura. Apolonia fue célebre en todo el mundo mediterráneo por sus escuelas de retórica y de filosofía, hasta el punto de que las familias acomodadas de Roma enviaban allí a sus hijos a completar su educación. El propio Cicerón, en sus escritos, se refirió a Apolonia como una ciudad grande e importante. Aquel prestigio intelectual convirtió a la colonia adriática en un destino de estudios de primer orden en la Antigüedad.
De aquella época dorada proceden buena parte de los monumentos que hoy se visitan: el llamado monumento de los Agonotetas, el odeón, las estoas, el arco de triunfo y las amplias murallas. Apolonia era una ciudad populosa, con miles de habitantes, edificios públicos monumentales y una vida cultural intensa. Su nombre estaba ligado a la idea de sabiduría y buena educación, una fama que resonaba en Roma y en todo el Mediterráneo.
El episodio más célebre de la historia de Apolonia la vincula directamente con el nacimiento del Imperio romano. En el año 44 a.C., un joven de apenas dieciocho años llamado Cayo Octavio —sobrino nieto y heredero adoptivo de Julio César— se encontraba en Apolonia completando su educación en retórica y recibiendo instrucción militar, mientras esperaba unirse a las campañas que César preparaba en Oriente. La ciudad de la sabiduría era el lugar idóneo para la formación de un joven de la élite romana.
Fue allí, en Apolonia, donde a Octavio le llegó la noticia que cambiaría su vida y la historia de Roma: el asesinato de Julio César en los idus de marzo del 44 a.C., a manos de un grupo de senadores. Aconsejado por sus allegados, el joven decidió no quedarse a salvo en la ciudad griega, sino cruzar a Italia para reclamar la herencia política y el nombre de César. De aquel viaje surgiría, tras años de guerras civiles, el hombre que acabaría convertido en Augusto, el primer emperador de Roma.
Ese vínculo con el futuro Augusto dio a Apolonia un prestigio añadido, y el emperador mantuvo cierta relación de favor con la ciudad donde había estudiado. El episodio, recogido por historiadores antiguos, convierte a esta colonia adriática en escenario de uno de los momentos fundacionales del Imperio romano: fue en Apolonia donde el joven Octavio recibió la noticia que lo lanzó al centro de la historia.
El declive de Apolonia no llegó por la guerra ni por la conquista, sino por la propia naturaleza. Con el paso de los siglos, un cambio en el curso del río Aoos y el aumento de los sedimentos provocaron el progresivo encenagamiento y el retroceso del mar, que dejó al puerto de la ciudad convertido en zona pantanosa e insalubre. Sin su salida al mar, Apolonia perdió la base de su prosperidad comercial. A esto se sumaron los terremotos, frecuentes en la región, que dañaron sus edificios. La ciudad entró en una lenta decadencia durante la época tardorromana.
Hacia el final de la Antigüedad, Apolonia se había reducido a una sombra de lo que fue. La población fue emigrando y el gran centro urbano quedó despoblado, aunque el lugar conservó cierta importancia religiosa: fue sede episcopal en época paleocristiana y bizantina. Con el tiempo, la vieja ciudad clásica quedó abandonada y sus piedras empezaron a ser reutilizadas para nuevas construcciones, un destino común a tantas urbes de la Antigüedad.
En el siglo XIII, sobre parte del antiguo emplazamiento, se levantó el monasterio ortodoxo de Santa María (Shën Mëri), construido en buena medida con materiales reaprovechados de la Apolonia clásica: columnas, sillares e inscripciones antiguas integradas en los muros del cenobio. Aquel monasterio bizantino, con su iglesia y su claustro, se convirtió en el principal núcleo del lugar durante los siglos siguientes y es hoy, además de un bello monumento medieval, la sede del museo del yacimiento.
El interés moderno por Apolonia comenzó a finales del siglo XIX y, sobre todo, en el siglo XX, cuando arqueólogos empezaron a estudiar y excavar el yacimiento. Una misión arqueológica francesa trabajó en el sitio en las primeras décadas del siglo XX, sacando a la luz monumentos y objetos, muchos de los cuales, sin embargo, corrieron desiguales destinos en el convulso contexto de las guerras mundiales. Más tarde, ya bajo el régimen comunista, arqueólogos albaneses continuaron las excavaciones y estudiaron sistemáticamente la antigua ciudad.
Hoy, Apolonia es un parque arqueológico protegido, uno de los más importantes de Albania. El visitante recorre a pie, entre olivares y colinas, los restos de la que fue una de las grandes ciudades del Adriático antiguo: el monumento de los Agonotetas con su elegante columnata, el odeón, el teatro, las murallas, el arco de triunfo y el área sagrada, además del monasterio medieval que alberga el museo. El conjunto forma parte del sistema de parques arqueológicos que Albania ha desarrollado para poner en valor su rico patrimonio clásico.
Apolonia ofrece algo poco frecuente: un yacimiento clásico de primer orden, ligado nada menos que a los orígenes del Imperio romano, en un entorno rural sereno y sin las multitudes de otros sitios del Mediterráneo. Pasear entre sus ruinas, imaginar las escuelas donde estudió el futuro Augusto y contemplar el monasterio levantado con las piedras de la ciudad antigua es un viaje por más de dos mil quinientos años de historia, en uno de los rincones más evocadores de Albania.